A gestire il Laboratorio furono chiamate le suore dell'Istituto Figlie di Sant'Anna, che esercitavano il proprio apostolato nell'attività educativa della fanciulle povere.
L'inaugurazione ufficiale avvenne il 2 ottobre 1902 alla presenza delle autorità civili e religiose. Il consiglio di amministrazione approvò, nella seduta del 16 ottobre dello stesso anno, lo statuto organico.
Successivamente il comitato provvide a dotare il Laboratorio di un proprio patrimonio, formato con il contributo della regina Elena e della regina madre Margherita di Savoia, del Ministero dell'Interno, del Comune di Assisi, del fondatore Harold Goad e di altre numerose personalità ed enti. Il conte Antonio Fiumi Roncalli nel suo testamento del 1913 dispose che la Congregazione di carità di Assisi, nominata erede della metà delle sue sostanze, erogasse annualmente al Laboratorio, che conservava la propria autonomia amministrativa, la cifra di 2000 lire.
Dopo la costituzione del patrimonio, venne insediato un consiglio di amministrazione composto da nove membri, tre dei quali eletti dal prefetto dell'Umbria, tre dal pretore di Assisi, tre dal consiglio comunale. Nella riunione del 15 settembre 1917, presieduta da Harold Goad, venne compilato un nuovo statuto, in cui si riaffermava che il fine dell'istituto era di provvedere all'istruzione e all'educazione delle fanciulle povere, alle quali veniva inoltre fornito un modesto abito e un pasto quotidiano.
Con decreto luogotenenziale del 4 ottobre 1917 n. 1795 venne approvato il nuovo statuto e l'istituto venne eretto in ente morale. Il 16 luglio del 1918 venne compilato anche il regolamento interno.
Nel giugno del 1928 si festeggiò la restituzione al culto dell'antica Chiesa di San Giacomo "de mutorupto" risalente al 1088 e parte del complesso architettonico dell'istituto.
L'attività del Laboratorio continua ancora, anche se, per le mutate condizioni sociali ed economiche, è la funzione educativa ad aver assunto un'importanza preponderante rispetto alla beneficenza. Dopo sessanta anni, le suore di Sant'Anna lasciarono l'incombenza della gestione dell'istituto all'Ordine delle Stimmatine; dal 1986, poi, sono subentrate le Francescane Angeline.
Il consiglio di amministrazione al 1986 era composto da nove membri, tre nominati dalla Regione Umbria, tre dal Comune di Assisi e tre dalla Pretura di Assisi.
Risulta anche tra le "istituzioni pubbliche di assistenza e beneficenza attive in Umbria", censite dagli uffici regionali alla data del 31 marzo 2006.