In quegli anni le iniziative della neonata associazione si concentrano sulla lotta alle malattie sessualmente trasmissibili (in particolare all'Hiv), sul diritto alla visibilità pubblica degli omosessuali e sull'organizzazione di attività ricreative e culturali, con l'affiliazione di locali, bar, campeggi, discoteche dedicati alla comunità gay, lesbica, bisessuale e transgender.
Alla fine degli anni Ottanta le problematiche degli omosessuali incominciano ad essere portate all'attenzione degli organi dello Stato: nel 1988 viene presentata la prima proposta di legge per la tutela delle coppie omosessuali conviventi firmata dalla deputata socialista Alma Cappiello e nel 1990, in occasione della giornata mondiale contro l'Aids, una delegazione di gay e lesbiche di Arcigay incontra il Presidente della Repubblica Francesco Cossiga.
Negli anni Novanta la visibilità dell'associazione cresce ulteriormente e vengono organizzate le prime manifestazioni a Roma e a Verona. In questi anni Arcigay concentra la sua attenzione sulle prime proposte di legge per il riconoscimento dei diritti delle coppie di gay e lesbiche, raccogliendo nel 1996 oltre novantamila firme con una petizione in favore delle unioni civili.
Durante il VII congresso di Arcigay tenutosi a Rimini nel 1996, Arcilesbica si separa da Arcigay, costituendo così un'associazione autonoma.
Nel giugno del 1998 Sergio Lo Giudice è eletto presidente nazionale dell'associazione: durante gli anni della sua presidenza viene dato forte impulso alla nascita di comitati Arcigay su tutto il territorio nazionale e viene consolidata la rete dei circoli ricreativi (discoteche, bar, saune) dedicati agli omosessuali.
Alla fine degli anni Novanta l'attività di Arcigay comprende iniziative di livello locale (rassegne cinematografiche, conferenze, dibattiti, incontri con gli studenti), nazionale (progetti di formazione, manifestazioni per il riconoscimento delle coppie di fatto, istituzione di una Commissione per i diritti delle persone omosessuali e transessuali presso il Ministero delle Pari Opportunità) e internazionale (una campagna di sensibilizzazione che porterà il Parlamento europeo a votare una Risoluzione contro le discriminazioni delle persone omosessuali).
Nel 2000 il movimento gay italiano organizza il primo gaypride nazionale a Roma e nel maggio 2001 il presidente onorario di Arcigay Franco Grillini e la presidente di Arcilesbica Titti De Simone vengono eletti alla Camera dei Deputati.
L'accrescersi dell'Associazione e delle sue attività impone scelte gestionali e organizzative nuove: vengono istituiti gruppi di lavoro specifici per aree tematiche (salute, leggi, esteri, comunicazione, interventi nelle scuole, politiche dell'immigrazione) e Circoli Arcigay provinciali che, istituiti a partire dal 2006, rendono più capillare e incisiva la presenza di Arcigay su tutto il territorio nazionale.
Nel 2007 viene eletto presidente Aurelio Mancuso, a cui succede nel 2010 Paolo Patanè.
In base al più recente statuto gli organi dell'Associazione sono: il Congresso nazionale, il Consiglio nazionale, il Presidente nazionale, il Segretario nazionale, la Segreteria nazionale, il Collegio dei Revisori dei conti e il Collegio dei Garanti.
Il Congresso nazionale ha il compito di discutere ed approvare il progetto associativo e le proposte di modifica dello statuto nazionale, oltre a eleggere il presidente nazionale, il segretario nazionale, i componenti del consiglio nazionale, il presidente del collegio dei garanti e il Collegio nazionale dei revisori dei conti.
Il Consiglio nazionale, organo di governo di Arcigay, traduce le decisioni del congresso in provvedimenti, discute e approva i bilanci e la modalità di tesseramento e ha il fondamentale compito di dare vita o sospendere l'attività di un Comitato provinciale.
Il presidente nazionale è il responsabile giuridico dell'associazione e ha il compito di rappresentarla e di coordinare le attività.
Il Segretario nazionale gestisce l'assetto organizzativo interno e il sistema di tesseramento, coordinando il lavoro della segreteria nazionale di Arcigay.
La Segreteria nazionale è l'organo esecutivo di Arcigay e ha il compito di attuare le decisioni approvate dal congresso nazionale e stimolare l'azione politica dell'associazione.
Il Collegio dei revisori dei conti è l'organo di controllo amministrativo, col compito di controllare la regolare tenuta della contabilità e la corrispondenza dei bilanci alle scritture.
Il Collegio dei Garanti è l' organo che garantisce la corretta applicazione dello statuto nazionale e la conformità ad esso di quelli locali oltre a dirimere le controversie insorte tra soci e organismi dirigenti locali e nazionali.
L'organizzazione di Arcigay sul territorio è articolata in svariate componenti capillarmente diffuse: i comitati territoriali, regolamentati da statuti propri e formati da volontari e militanti che organizzano le iniziative culturali, politiche e ricreative locali; i circoli ricreativi e culturali e le associazioni affiliate, che offrono spazi per la socializzazione, il divertimento e l'approfondimento culturale. Tali realtà aderiscono alle finalità e allo statuto di Arcigay e si configurano come spazi di prossimità con la comunità omosessuale, in grado di favorire la socializzazione, erogare informazioni, diffondere la cultura delle diversità, offrire servizi e promuovere campagne per il benessere complessivo dei tesserati.