Nel 1452 si data una cacciata dalla città, indotta soprattutto dalle predicazioni antigiudaiche dei frati minori e dei domenicani, e le notizie su ebrei residenti a Cuneo riprendono solo negli anni Venti del XVI secolo. A metà del secolo venne nominato per la comunità ebraica cuneese un sotto-conservatore degli ebrei, magistrato locale dipendente del conservatore degli ebrei, istituito da Carlo II nel 1551 e residente a Torino. I cittadini ebrei andavano di nuovo aumentando, negli ultimi decenni del secolo grazie anche all'affluenza di alcuni gruppi provenienti dai territori pontifici di Avignone e del contado Venaissin, da dove erano stati scacciati da Pio V; a riprova del numero rilevante di ebrei cuneesi il comune, come ricorda G. Cerutti, presentò additrittura un ricorso (rimasto inesaudito) ad Emanuele Filiberto perché ne limitasse l'affluenza. Nonostante l'opposizione di una parte almeno della popolazione locale, nonostante le confische e i ricatti "fiscali" delle condotte promulgate dai duchi sabaudi, la comunità - i cui rappresentanti esercitavano soprattutto il prestito di denaro e il commercio - rimase salda nel tessuto sociale ed economico di Cuneo. Anche quando la Confraternita di Santa Croce istituì nel 1588 un monte di pietà, fra i cui scopi principali vi era la concorrenza con il prestito ebraico, la comunità riuscì a sopravvivere conservando la "clientela" più abbiente, fra cui lo stesso Comune, e alla fine del Cinquecento contava circa 120-130 persone.
Il XVII secolo trascorse fra condotte emanate e confermate dai duchi in cambio di ingenti esborsi di denaro, controversie fiscali ed economiche - in genere con il Comune di Cuneo - e alcune conversioni al cattolicesimo (dalle carte non si evince se si trattava di conversioni coatte o spontanee): il censimento del 1688, conservato presso l'Archivio di Stato della città, attesta la presenza in Cuneo di 68 ebrei. Citando Camillo Fresia, Gian Rebuffo ricorda anche che proprio alla fine del Seicento (1687) venne fondata la Ghemilud Chassidim, Congregazione di Carità con lo scopo di educazione religiosa.
Le condizioni della popolazione ebraica piemontese peggiorarono nel corso del XVIII secolo, e in particolare con le Regie Costituzioni del 20 febbraio 1723 (precisate e arricchite nel 1729), che si rifacevano allo Statuto di Amedeo VIII, e, fra i più noti provvedimenti, sancivano la nascita del ghetto, l'obbligo del segno distintivo dai 14 anni in poi, la segregazione durante la settimana santa e così via. Il ghetto cuneese fu istituito nel 1724 nella zona già abitata in prevalenza da ebrei, fra le attuali via Mondovì, via Alba, via Chiusa Pesio e corso Giovanni XXIII. Quando non vi provvedeva il potere centrale, spontaneamente o su indicazioni della Santa Sede, gli stessi ebrei stabilivano dei limiti alla loro condotta, quanto meno esteriore: nel 1764 l'Università israelitica del Piemonte (organo centrale da cui dipendevano le singole comunità) emanò una Prammatica dei giochi e dei conviti che bandiva lo sfarzo dalle occasioni pubbliche, sia per rispetto ai correligionari poveri, sia per non suscitare invidia e ostilità nella popolazione non ebraica.
Beneficiando della nuova temperie culturale, sociale e umana nella quale fiorì l'Illuminismo e che l'Illuminismo stesso alimentò, le comunità ebraiche del Regno sabaudo videro un lento ma significativo miglioramento delle loro condizioni: dalla fine del Settecento nelle condotte aumentarono i privilegi e diminuirono le restrizioni e discriminazioni. Anche la popolazione cresceva, tanto che nel 1779 la comunità denunciò al prefetto l'insufficienza del ghetto, che aveva negli ultimi anni accolto molti ebrei forestieri «rifiuto degli altri ghetti, persone vagabonde, non dedite ad alcun lavoro». Il ghetto non venne ampliato, ma nel 1781 fu in parte risanato.
L'occupazione francese - che a Cuneo durò dall'aprile 1796 al maggio 1814 (dal 1799 Cuneo fu ufficialmente Francia) - venne vista nel complesso come un cambiamento positivo dalla popolazione ebraica, che sperava in una più rapida realizzazione dell'emancipazione. In parte le speranze furono ben riposte, poiché proprio sotto il governo napoleonico la città ebbe il suo primo consigliere comunale ebreo, Salomon Lattes (1802-1814).
Risale al periodo francese l'episodio della bomba inesplosa dell'esercito austro-russo, che assediava la città per strapparla ai Francesi. Il 7 novembre 1799 gli assedianti colpirono con una bomba la sinagoga, dove gli ebrei erano raccolti in preghiera: la bomba fortunatamente si conficcò nella parete senza scoppiare, ciò che trasformò l'episodio in un accadimento miracoloso, celebrato dalla comunità per oltre cento anni.
Come noto, con la Restaurazione tornarono in vigore le Regie Costituzioni del 1770 e gli ebrei furono costretti, tra le altre cose, a rientrare nei ghetti. Nel 1816 furono emanate delle Regie Patenti che mitigavano in parte le rigide disposizioni delle Costituzioni, ma la gran parte delle leggi discriminatorie restavano in vita.
Venendo agli aspetti più strettamente giuridici, nel corso del secolo fino allo Statuto albertino - la cosiddetta "seconda emancipazione" - le comunità israelitiche italiane erano corporazioni di diritto pubblico organizzate secondo propri regolamenti e facevano capo a istituzioni chiamate "Concistori". L'ordinamento in Concistori, specchio del sistema dipartimentale francese, era stato esteso a numerose regioni d'Italia da Napoleone; in particolare, in Piemonte e Liguria l'ordinamento concistoriale fu ufficialmente imposto con decreto imperiale dell'11 dicembre 1808. In ogni dipartimento veniva creato un Concistoro, composto da un gran rabbino, un rabbino e tre notabili di nomina elettiva (Il Concistoro del dipartimento di Po e Stura aveva sede a Torino e comprendeva le università israelitiche di Torino, Saluzzo, Cuneo, Savigliano, Chieri, Carmagnola, Cherasco e Fossano). Tale ordinamento rimase ufficialmente in vigore fino alla Legge Rattazzi (nata, come si vedrà poco oltre, su progetto delle comunità piemontesi), ma in numerose regioni italiane successivi provvedimenti ne avevano già modificato i tratti più sgraditi. In particolare, nel 1815 venne costituita in Piemonte - in alternativa al sistema concistoriale - un'unica "Commissione israelitica" che provvedeva alle necessità degli ebrei piemontesi e ripartiva fra essi le spese; dalla Commissione dipendevano le quattro università maggiori di Torino, Casale, Alessandria e Nizza cui erano a loro volta soggette tutte le altre università. Al loro interno le università israelitiche erano rette da un anziano, un vice-anziano e da un Consiglio, nominati dall'intendente generale sulla base di liste proposte da una commissione della stessa università, eletta dai maggiori contribuenti; il Consiglio si rinnovava di un terzo ogni anno. Un decreto dell'Intendente generale dell'aprile 1816 stabilì che in tutte le città piemontesi dove esisteva una sinagoga si dovesse creare un'amministrazione nominata dalla Commissione e soggetta alle sue direttive.
L'esistenza di potenti organi sovracomunitari e di comunità "maggiori" dotate di una posizione di supremazia non era tuttavia apprezzata dalle comunità considerate "minori"; il vivace dibattito che portò alla nascita della Legge Rattazzi fu incentrato soprattutto su questo problema. Fonte di grande insoddisfazione era pure il sistema di tassazione e frequenti erano i ricorsi dei contribuenti, sia in relazione all'ammontare della tassa (non meno di 40 lire annue), sia in relazione al domicilio. Soprattutto in seguito all'emancipazione del 1848 numerose voci si levarono perché si creasse un sistema più efficace e, soprattutto, equo nella ripartizione dei tributi. Il governo affidò dunque all'università di Torino un progetto di regolamento economico-amministrativo per gli ebrei di tutto lo Stato. Con vicende alterne e numerosi dissidi si giunse infine, nel 1856, ad un accordo fra le comunità su come si dovesse intendere l'organizzazione comunitaria e sovracomunitaria; il progetto prevedeva la scomparsa sia di una direzione centrale (sostituita da un'Assemblea periodica generale dei delegati di tutte le comunità), sia della distinzione fra comunità maggiori e comunità minori.
Su queste premesse fu emanata la Legge n. 2325 del 4 luglio 1857 (detta "Rattazzi" dal ministro che ne stilò il progetto), accompagnata da un regolamento "per l'amministrazione e contabilità delle università israelitiche" (n. 2326). La legge, che definiva le università israelitiche "corporazioni di diritto pubblico", disponeva l'esistenza di un Consiglio eletto dai maschi maggiorenni, contribuenti e non analfabeti, e di un'Assemblea generale dei contribuenti cui spettava essenzialmente la nomina e la revoca del rabbino. All'art. 27 prevedeva inoltre la creazione, previa approvazione da parte del Ministero dell'Interno, di Consorzi che si occupassero di questioni di interesse comune alle varie comunità. La legge regolava inoltre i parametri di tassazione dei membri della comunità. Il ministro dell'Interno aveva facoltà di sciogliere i Consigli. Dal Piemonte la Legge Rattazzi fu man mano estesa ad altre regioni, benché non fosse apprezzata da tutto l'ebraismo italiano. Fra i vari motivi di insoddisfazione si riproponeva quello dell'imposizione del contributo e di come un ebreo potesse sottrarvisi (passando ad un'altra confessione o abbandonando semplicemente quella ebraica): la legge affermava semplicemente che ciascuna comunità comprendeva "tutte le famiglie e individui appartenenti al culto israelitico, domiciliati da oltre un anno nel Comune nel quale trovasi eretta", senza indicare norme per l'iscrizione e cancellazione dei membri. Le comunità israelitiche presero allora ad organizzarsi indipendentemente dalla Rattazzi. Già in occasione del Congresso israelitico italiano del maggio 1863, tenutosi a Ferrara, era stata ufficialmente messa all'ordine del giorno l'eventuale modifica di alcuni punti della legge Rattazzi. Se ne discusse anche in Parlamento.
In seguito all'emancipazione e alla Legge Rattazzi la comunità cuneese si preoccupò di presentare un resoconto dettagliato della sua situazione, che venne pubblicato da Flaminio Servi nel 1866 sul "Corriere Israelitico".
Si segnala qui di seguito solo le tappe fondamentali della storia della comunità nel secondo Ottocento. In primo luogo dev'essere menzionata la nascita dell'asilo, nel 1858. Pochi anni dopo - nel 1863 - venne emanato un nuovo regolamento della Congregazione di Carità Israelitica o Ghemilud Chassidim. Nel 1866 vide la luce un altro ente dipendente dalla comunità, di cui purtroppo si conserva pochissima documentazione: la Società di mutua istruzione religiosa della gioventù israelitica cuneese. Nel 1884 si mise mano anche al restauro della sinagoga, che venne realizzato entro l'anno. Fra fondazioni e rinnovamenti la comunità di Cuneo dimostra di essere stata molto attiva alla fine del XIX secolo, e fino a tutti i primi decenni del XX, ciò che è rispecchiato nelle carte conservate presso l'Archivio Terracini. Anche i rapporti con il Comune e con la cittadinanza si fecero migliori a cavallo dei due secoli, come testimoniano tra l'altro alcuni lasciti di ebrei ad enti pubblici territoriali citati da Giovanni Cerutti: egli ricorda ad esempio il lascito testamentario di Bonaiuto Lattes a favore della città (1907) e quello di Emanuele Segre per il finanziamento di premi di studio a favore degli alunni della scuola della frazione dei Ronchi. La popolazione ebraica era integrata nella vita economico-sociale e alcuni suoi membri si dedicarono alla vita pubblica, ad esempio il consigliere comunale, poi consigliere, presidente e infine commissario governativo della Camera di Commercio Marco Cassin.
Di estrema importanza - anche in relazione alle carte sopravvissute - l'annessione della comunità di Mondovì a quella cuneese. Deliberata con decreto luogotenenziale del 25 febbraio 1917, non portò, ovviamente, alla scomparsa della comunità monregalese, ma alla perdita della sua autonomia giuridica, amministrativa ed economica.
Quanto alla giurisprudenza che regolava le università israelitiche, in considerazione di una certa insoddisfazione suscitata dalla Legge Rattazzi e sotto l'impulso del riassetto generale dello Stato voluto dal fascismo, nel 1930 entrò in vigore la nota "Legge Falco". La Falco venne emanata sulla base di una legge più generale, riferita all'esercizio dei culti ammessi (n. 1159, 24 giugno 1929), con cui il Governo si era dato «la facoltà di emanare le norme per l'attuazione della presente legge, e per il suo coordinamento con le altre leggi dello Stato, e di rivedere le norme legislative esistenti che disciplinano i culti acattolici» (art. 14): in virtù di questa facoltà vennero appunto emanati il R.D. 1731 del 30 ottobre 1930 - Norme sulle Comunità israelitiche e sulla Unione delle Comunità medesime - e il relativo regolamento di attuazione, n. 1561, entrato in vigore il 19 dicembre 1931. La legge implicò l'aggregazione delle comunità "minori" a quelle più grandi: Cuneo perse la sua autonomia e diventò dipendente da Torino