Si definirono così le materie di insegnamento (pittura, scultura, architettura, "grottesco" termine ben presto cambiato in ornato, intaglio in rame), si arricchì la dotazione degli strumenti necessari a questi insegnamenti affiancando all'Istituto una raccolta di esempi dell'arte antica e moderna, oggi confluiti nella Galleria dell'Accademia e nella Galleria d'arte moderna di Palazzo Pitti. A corredo della didattica furono infatti allestite, all'interno degli spazi dell'istituto, una pinacoteca, una raccolta di statue e di gessi originali e di calchi ed una ricca biblioteca con una vasta raccolta di edizioni e di stampe rare. Si istituirono premi, esposizioni e "pensionati" che permettessero ai giovani allievi di studiare a Roma o in altre città italiane.
L'Accademia fu stabilita nell'ex "spedale" di San Matteo sulla piazza San Marco, dove ancor oggi ha sede. Con lo statuto napoleonico del 1811 si arricchì di una Scuola di musica e declamazione e di un Conservatorio di arti e mestieri, rispettivamente seconda e terza classe dell'Accademia, che trovarono posto nell'ex convento di Santa Caterina sulla stessa piazza San Marco, all'angolo con via degli Arazzieri, adattato alle nuove funzioni dall'architetto Giuseppe del Rosso. Queste due "classi" daranno vita, dopo il 1850, rispettivamente al Conservatorio di musica e all'Istituto tecnico che troveranno ubicazione in altre sedi e si daranno una organizzazione autonoma.
L'Accademia fra Settecento e Ottocento fu guida ed esempio alle arti non solo della Toscana e vide operare al suo interno sia i sostenitori della grande tradizione quali Pietro Benvenuti, Lorenzo Bartolini, Raffaello Morghen, Giovanni Duprè... sia i giovani allievi sostenitori dei rivoluzionari movimenti del tempo quali i Macchiaioli come Cecioni, Signorini, Lega e Giovanni Fattori che tenne poi la cattedra di nudo all'Accademia stessa.
L'Accademia del Novecento a lungo regolamentata da una legge del 1923, che all'interno della riforma Gentile dava nuovo ordine all'istruzione artistica, vide il distacco di Architettura nel 1927 e l'istituzione dei Corsi speciali nel 1970.
Ha annoverato maestri quali Felice Carena, Galileo Chini, Giuseppe Graziosi, i Romanelli, Ottone Rosai, Primo Conti, Ugo Capocchini, Gastone Breddo, Oscar Gallo, Antonio Berti, Quinto Ghermandi, Quinto Martini, Rodolfo Margheri.