Il lavoro di archiviazione dei primi fondi è diretto, a partire dal 1993, da Tommaso Fanfani e compiuto da un équipe di collaboratori. La struttura iniziale dell'archivio, tra 1993 e 2000, era comprensiva quasi esclusivamente della documentazione proveniente dagli uffici di Piaggio & C. di Pontedera, ed, in alcuni casi, di Genova e di società collegate (O.M.A.O. e S.A.R.P.I.). E' stato possibile recuperare pochi strumenti di corredo coevi alla documentazione o di deposito, ad eccezione di qualche registro del fondo Personale e di una serie di elenchi dei disegni tecnici.
La prima fase di ordinamento e inventariazione, riguardante il materiale inviato dagli uffici direzionali, amministrativi, produttivi, commerciali, inizia nel del 1993, quando per primi giungono 1445 fascicoli (fondo Lanzara) raccolti dall'ingegner Francesco Lanzara negli anni trascorsi alla direzione dello stabilimento di Pontedera (dal 1950 al 1980). Oltre al fondo Lanzara sono stati inventariati due fondi particolarmente importanti per ricostruire le origini e le trasformazioni societarie: Atti Dovuti e Direzione Generale.
Il primo è composto da 181 fascicoli: Atti Costitutivi, Libri Verbale di Assemblea, Statuti Sociali (1882-1992).
Il secondo è formato da 386 fascicoli (1916-1987).
A questa prima fase di inventariazione appartengono i primi nuclei costitutivi di due fondi indispensabili per ripercorrere attraverso le immagini l'evoluzione dei brands e della corporate identity, oltre ad essere caratterizzanti e specifici di un archivio d'impresa: la Direzione Commerciale e l'Iconografico.
Il primo, comprensivo di 7 serie (888 fascicoli), contiene il materiale dell'ufficio Marketing, Stampa e Comunicazione con calendari, campagne pubblicitarie (centinaia di fascicoli con poster e depliant), bozzetti di famosi slogan come "Vespizzatevi" degli anni '50, giustificativi di pubblicità, rassegne stampa e lanci di prodotto (1946-1990). Oltre a questa parte inventariata ed accessibile all'utente, sono da considerare 162 contenitori in deposito (in corso di inventariazione), comprensivi del materiale prodotto dall'ufficio Immagine e Comunicazione negli anni '90, e tutto quel materiale prodotto negli ultimi anni e conservato nei due uffici di Milano e Pontedera.
Il fondo Iconografico e costituito da 3 serie: Fotografico, Digitale e Audiovisivi. Il primo è composto da 386 fascicoli utilizzati nei calendari e campagne pubblicitarie oltre a scatti di raduni e manifestazioni vespistiche, eventi aziendali e lanci stampa, divi del Cinema e celebrità su Vespa, stabilimenti e lavoro in fabbrica (1920-1990). Ci sono inoltre 390 pellicole, 350 betacam ed oltre 100 dvd con un migliaio di immagini digitali in crescita continua. Tra i progetti più importanti del 2009, vi è il censimento e la schedatura del materiale cinematografico Piaggio, che verrà svolto dal Centro Multimediale del Cinema in collaborazione con l'Università di Pisa e che porterà ad una valorizzazione ulteriore delle fonti "speciali" conservate in un archivio aziendale.
Nel corso degli ultimi anni, l'Archivio Storico si è arricchito di nuove acquisizioni provenienti dagli Uffici del Personale e della Progettazione e oltre a ciò sono andati via via incrementandosi gli archivi aggregati, ovvero collegati direttamente alla società mediante compartecipazioni ed acquisizioni. Successivamente se ne sono aggiunti altri sotto forma di donazioni tra i quali quello di Gilberto Filippetti.
L'Archivio Storico Piaggio è stato riconosciuto nel 2003 come "Miglior Archivio d'Impresa in Italia" dal "Premio Guggenheim Impresa & Cultura".