Dopo un'ulteriore crisi alla fine del sec. XVI, nel sec. XVIII si ebbe un rinascita con caratteristiche eminentemente culturali, con la creazione di accademie ed il rilancio dell'insegnamento nel seminario. Nel 1867 Guglielmo Sanfelice fondò un istituto di istruzione, parificato con decreto del 9 agosto 1894, con annesso collegio, tuttora funzionante. Nel decennio francese l'abbazia fu trasformata in stabilimento nazionale; oggi è monumento nazionale e la conservazione del suo notevole ed antico patrimonio culturale, frutto della plurisecolare esistenza, è affidata alla comunità monastica che non ha mai abbandonato il monastero e che, anno dopo anno, ha provveduto a dare all'archivio un nuovo ordinamento, ancora oggi in vigore.
Le innumerevoli donazioni di beni da parte di principi, vescovi, signori e privati laici secondo l'uso del tempo erano accompagnati anche dai relativi documenti, soprattutto atti di compravendita, concessioni, permute, attraverso i quali è possibile ricostruire le vicende delle proprietà fondiarie di molte zone del Mezzogiorno già dagli inizi del sec. XI.
Sul finire del sec. XVI l'abate Vittorino Manso divise l'archivio dalla biblioteca, sistemandoli in due ambienti distinti. Il patrimonio documentario conservato sia nell'archivio che nella biblioteca è importantissimo per consistenza e varietà: la documentazione riguarda territori dell'Italia meridionale che hanno fatto parte, talvolta per lungo tempo, fin dall'alto medioevo, del patrimonio fondiario dell'abbazia: i territori del circondario di Cava, le zone del Cilento, i domini pugliesi, lucani e dell'Irpinia. Le pergamene latine e greche conservate sono relative anche all'epoca antecedente la fondazione della badia, in quanto provengono da altri monasteri, poi donati a Cava. Vi confluirono anche archivi di certose e conventi donati dopo la soppressione degli ordini religiosi del 1807.
Il responsabile dell'archivio e della biblioteca è oggi don Leone Marinelli.