Questo ordinamento restò operante fino agli inizi di luglio del 1798 quando entrò in vigore la riforma prevista dalla costituzione della Repubblica Ligure, dopo mesi di aspre discussioni. La legge n. 111 del 27 maggio 1798 istituì infatti delle "comuni" in ciascuna parrocchia, rette da "municipalità" composte da tre a nove membri, rinnovabili per un terzo ogni anno. Più comuni costituivano un cantone, con un'assemblea cantonale presieduta dal presidente della municipalità capoluogo di cantone, incaricata di ripartire le imposte e vigilare sugli oggetti di interesse generale. I cantoni (156 in tutta la repubblica) furono quindi raggruppati in venti "Giurisdizioni", in ciascuna delle quali furono nominati dei Commissari di Governo, incaricati di vigilare sul funzionamento delle varie amministrazioni sottoposte, sulla regolarità delle operazioni elettorali e sull'attuazione dei decreti governativi (legge n. 63 del 16 agosto 1798). A completare il tutto, il 17 e 21 luglio vennero istituite assemblee di giurisdizione con funzioni prevalentemente finanziarie (riparto delle imposte tra i cantoni, compilazione dei bilanci preventivi). Il nuovo ordinamento giudiziario fu ugualmente stabilito con la legge n. 111 del 27 maggio 1798; esso prevedeva un Tribunale di Cassazione a Genova, un Tribunale civile e criminale in ogni Giurisdizione, e un Giudice di pace, di prima o seconda classe, in ogni cantone.
Tutte queste nuove cariche (comprese quelle giudiziarie) erano elettive e le assemblee di elettori si radunavano ogni anno nei singoli comuni ("comizi primari") e giurisdizioni ("comizi elettorali"). Il sistema si rivelò fin dall'inizio estremamente farraginoso, tanto che già dopo pochi mesi lo stesso Direttorio esecutivo ne lamentava l'estrema "incoerenza e confusione". I neonati corpi municipali si trovarono infatti oberati di compiti che non erano in grado di svolgere, con personale elettivo inadeguato e con un carico di spese esorbitanti. A queste difficoltà, le amministrazioni locali risposero con l'inerzia o peggio con l'anarchia, non rispettando le direttive del potere centrale, rifiutando il pagamento delle imposte, addirittura alimentando spinte centrifughe o separatiste. L'occupazione della Liguria ad opera delle truppe austriache nel corso della guerra della seconda coalizione, portò nel maggio-giugno 1800, subito dopo l'effimera conquista di Genova, all'istituzione di una "Reggenza Imperiale Reale e Provvisoria" che, richiamati in vigore tutti gli statuti e ordini municipali soppressi nel 1797, nominò delle "Imperiali e Reali Deputazioni" nei capoluoghi di Giurisdizione con l'incarico di ricostituire le amministrazioni delle comunità già soggette al dominio genovese con "quel numero di agenti o sindaci esistenti avanti l'epoca fatale della Rivoluzione". La vittoria francese di Marengo e la riconquista francese posero fine a questo breve intermezzo, perché la nuova "Commissione straordinaria di governo" nominata da Napoleone Bonaparte, procedette fin dall'inizio a ricostituire le municipalità secondo gli ordinamenti del 1798, sotto la direzione di commissari straordinari insediati nelle Giurisdizioni; il tutto, però, in un clima di assoluta provvisorietà ed incertezza legato alle sorti future della Liguria, tra progetti di riunificazione alla Repubblica Cisalpina e ampliamenti territoriali a spese degli Stati vicini.
Tale precarietà cessò nel 1802 con la rifondazione della Repubblica secondo gli orientamenti moderati della costituzione francese dell'anno VIII e, ancor più, della costituzione data alla Repubblica Italiana dai Comizi di Lione. La legge organica n. 24 del 17 gennaio 1803 disegnò le nuove circoscrizioni amministrative (che compresero anche i territori già sabaudi di Loano, Oneglia e dei feudi imperiali del Tortonese), con il non nascosto obiettivo di farle coincidere con quelli dei governi e capitanati dell'antico regime; così, se vennero mantenute le denominazioni storiche e naturalistiche entrate in uso nel 1798, le Giurisdizioni vennero drasticamente ridotte a sei e furono sottoposte al controllo di un Provveditore, con attribuzioni non dissimili da quelle del prefetto francese o italiano. Ugualmente ridotto fu il numero dei cantoni (scesi da 156 a 47), retto ciascuno da una municipalità (con un numero variabile di componenti) responsabile dell'amministrazione finanziaria, dei lavori pubblici e delle opere pie ed assistenziali. Nei 705 comuni (uno per parrocchia) furono invece istituiti dei consigli comunali sotto la presidenza di un Agente, scelto dal Provveditore tra gli stessi consiglieri (in numero variabile da 10 a 25). Per quanto riguardava invece l'amministrazione giudiziaria, furono istituiti tre Tribunali di Revisione o d'Appello a Genova, Alassio e Levanto, mentre nelle Giurisdizioni furono creati dei Tribunali ordinari civili e criminali composti da tre giudici, dai quali dipendevano gerarchicamente i Giudici di prima istanza, residenti in ciascun cantone. Questa riforma, che prevedeva anche l'istituzione di consulte nei capoluoghi di giurisdizione (poi mai entrate in funzione), pure ispirata a principi di relativa centralizzazione, non riuscì comunque a dare vita ad un sistema strutturalmente efficiente a causa della cronica carenza di personale qualificato a far funzionare una così complessa e articolata struttura amministrativa, oltre tutto ben presto appesantita dalla decisione di creare in ciascuna Giurisdizione uno o più distretti affidati ad altrettanti vice-provveditorati, sull’esempio delle sottoprefetture d'oltralpe. Per cercare di snellire una così elefantiaca struttura amministrativa (almeno se rapportata alle modeste dimensioni territoriali della Liguria) nella primavera del 1804 il Senato procedette ad un drastico ridimensionamento delle circoscrizioni comunali, che passarono da 705 a 324, con un generale accorpamento di molti comunelli "in un sol comune come lo furono nel passato".
L'unione della Repubblica Ligure all'Impero francese (25 maggio 1805) non segnò l'immediata cessazione degli ordinamenti liguri. Uno dei primi provvedimenti dell'arcitesoriere Lebrun, nominato da Napoleone governatore della Liguria, fu quello di confermare in carica gli amministratori esistenti, sostituendo (e non sempre) la precedente denominazione con quella francese, finché tra il dicembre 1805 e il gennaio 1806 non entrarono in funzione le nuove amministrazioni.