Nel nuovo compartimento territoriale dello Stato di Milano, pubblicato dopo la "Riforma al governo della città e contado di Como", il comune di Bregnano con Puginate e Cassina Manigardi venne inserito, con le comunità della pieve di Fino, nel Territorio civile della città di Como. Nel 1771 il comune contava 1.066 abitanti. Con la successiva suddivisione della Lombardia austriaca in province, il comune di Bregnano con Puginate e Cassina Manigardi venne confermato facente parte della pieve di Fino ed inserito nella Provincia di Como. In forza del nuovo compartimento territoriale per l'anno 1791, la pieve di Fino, di cui faceva parte il comune di Bregnano, venne inclusa nel I distretto censuario della provincia di Como.
A seguito della suddivisione del territorio in dipartimenti, prevista dalla costituzione della Repubblica Cisalpina dell'8 luglio 1797, con legge del 27 marzo 1798 il comune di Bregnano con Puginate e Cassina Manigardi venne inserito nel Dipartimento del Lario, Distretto di Fino. Con successiva legge del 26 settembre 1798 il comune venne trasportato nel Dipartimento dell'Olona, Distretto XX di Appiano. Nel gennaio del 1799 contava 1300 abitanti. Secondo quanto disposto dalla legge 13 maggio 1801, il comune, inserito nel Distretto primo di Como, tornò a far parte del ricostituito Dipartimento del Lario. Con la riorganizzazione del dipartimento, avviata a seguito della legge di riordino delle autorità amministrative e resa definitivamente esecutiva durante il Regno d'Italia, Bregnano venne in un primo tempo inserito nel Distretto I ex comasco di Como, classificato comune di III classe, e successivamente collocato nel Distretto I di Como, Cantone I di Como. Il comune di Bregnano con Puginate e Cassina Manigardi nel 1805 contava 1178 abitanti. Il successivo intervento di concentrazione disposto per i comuni di II e III classe, non interessò il comune di Bregnano ed uniti che continuò a costituire entità amministrativa autonoma. Inserito nel Distretto I di Como, Cantone II di Como, il comune contava 1182 abitanti. Tale aggregazione venne confermata con la successiva compartimentazione del 1812.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il comune di Bregnano con Puginate e Cassina Manigardi venne inserito nel distretto I di Como. Il comune di Bregnano con Puginate e Cassina Manigardi, dotato di convocato, fu confermato nel distretto I di Como in forza del successivo compartimento delle province lombarde. Col compartimento territoriale della Lombardia, il comune di Bregnano, che comprendeva le frazioni di Puginate e Cassina Manigardi, venne inserito nel distretto II di Como. La popolazione era costituita da 1976 abitanti.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Bregnano con 2.123 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento III di Como, circondario I di Como, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 2.233 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 2.196 (Censimento 1871); abitanti 2.373 (Censimento 1881); abitanti 2.461 (Censimento 1901); abitanti 2.501 (Censimento 1911); abitanti 2.472 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Como della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Popolazione residente nel comune: abitanti 2.407 (Censimento 1931); abitanti 2.416 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Bregnano veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 2.571 (Censimento 1951); abitanti 2.893 (Censimento 1961); abitanti 3.195 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Bregnano aveva una superficie di ettari 623.