Con la "Riforma al governo della città e contado di Como", il comune di Cernobbio venne scorporato dai Corpi Santi di Como ed inserito, nel Territorio civile della città di Como, nella istituenda pieve di Zezio superiore, così come compare anche nel compartimento territoriale dello Stato di Milano. Nel 1771 il comune contava 516 abitanti. Con la successiva suddivisione della Lombardia austriaca in province, il comune di Cernobbio venne confermato facente parte della pieve di Zezio superiore ed inserito nella Provincia di Como. In forza del nuovo compartimento territoriale per l'anno 1791, la pieve di Zezio superiore, di cui faceva parte il comune di Cernobbio, venne inclusa nel II distretto censuario della provincia di Como.
A seguito della suddivisione del territorio in dipartimenti, prevista dalla costituzione della Repubblica Cisalpina dell'8 luglio 1797, con legge del 27 marzo 1798 il comune di Cernobbio venne inserito nel Dipartimento del Lario, Distretto di Laglio. Con successiva legge del 26 settembre 1798 il comune venne trasportato nel Dipartimento dell'Olona, Distretto XXIII di Argegno. Nel gennaio del 1799 contava 488 abitanti. Con la legge di riforma del 5 febbraio 1799 Cernobbio venne inserito nel Dipartimento dell'Olona, Distretto XXII di Como. Secondo quanto disposto dalla legge 13 maggio 1801, il comune, inserito nel Distretto primo di Como, tornò a far parte del ricostituito Dipartimento del Lario. Con la riorganizzazione del dipartimento, avviata a seguito della legge di riordino delle autorità amministrative e resa definitivamente esecutiva durante il Regno d'Italia, Cernobbio venne in un primo tempo inserito nel Distretto II ex comasco dei Borghi di Como, classificato comune di III classe, e successivamente collocato nel Distretto I di Como, Cantone II di Como. Il comune di Cernobbio con Stimianico nel 1805 contava 759 abitanti. Il successivo intervento di concentrazione disposto per i comuni di II e III classe, vide l'aggregazione del comune di Cernobbio al comune di Como. Tale aggregazione venne confermata con le successive compartimentazioni del 1809 e del 1812.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il ricostituito comune di Cernobbio venne inserito nel distretto II di Como. Il comune, dotato di convocato, fu confermato nel distretto II di Como in forza del successivo compartimento delle province lombarde. Col compartimento territoriale della Lombardia, il comune di Cernobbio venne inserito nel distretto I di Como. La popolazione era costituita da 715 abitanti.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Cernobbio con 768 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento II di Como, circondario I di Como, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 844 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 831 (Censimento 1871); abitanti 1.026 (Censimento 1881); abitanti 1.379 (Censimento 1901); abitanti 2.038 (Censimento 1911); abitanti 2.060 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Como della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1929 al comune di Cernobbio vennero aggregati i soppressi comuni di Piazza Santo Stefano e Rovenna. Popolazione residente nel comune: abitanti 5.398 (Censimento 1931); abitanti 5.461 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Cernobbio veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 6.672 (Censimento 1951); abitanti 6.929 (Censimento 1961); abitanti 8.040 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Cernobbio aveva una superficie di ettari 1.172.