Inserito nel cantone della Montagna con la legge del 1 maggio 1797, fu capoluogo del distretto di Darfo nel febbraio 1798 e di quella del 12 ottobre dello stesso anno; nell'assetto definitivo della repubblica cisalpina, determinato nel maggio del 1801, venne incorporato nel distretto IV, di Breno, per fare poi parte del cantone I di Breno del distretto IV di Breno con il decreto dell'8 giugno 1805. Sul piano istituzionale, in osservanza della legge del 24 luglio 1802 ed in virtù dei 1040 abitanti, venne classificato nella terza classe dal citato decreto 8 giugno 1805.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Bergamo, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, venne incluso nel distretto XVII di Breno; fu confermato nel medesimo distretto in forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde. Nel 1853, Darfo, comune con consiglio comunale senza ufficio proprio e con una popolazione di 1829 abitanti, fu inserito nel distretto XIV di Breno.
In seguito all'unione temporanea delle proivnce lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Darfo Boario Terme con 1.935 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento I di Breno, circondario III di Breno, provincia di Brescia. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 2.087 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 2.072 (Censimento 1871); abitanti 2.275 (Censimento 1881); abitanti 2.539 (Censimento 1901); abitanti 3.665 (Censimento 1911); abitanti 4.155 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Breno della provincia di Brescia. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1929 al comune di Darfo Boario Terme vennero aggregati i soppressi comuni di Erbanno e Gorzone. Popolazione residente nel comune: abitanti 6.678 (Censimento 1931); abitanti 7.155 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Darfo Boario Terme veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 9.585 (Censimento 1951). Nel 1959 al comune di Darfo Boario Terme venne aggregata la frazione di Bessino Superiore staccata dal comune di Artogne e le frazioni di Bessino Superiore e Capo di Lago staccate dal comune di Angolo, attualmente denominato Angolo Terme. Popolazione residente nel comune: abitanti 11.339 (Censimento 1961). Sino al 1969 il comune mantenne la denominazione di Darfo e successivamente a tale data il comune assunse la denominazione di Darfo Boario Terme. Popolazione residente nel comune: abitanti 12.168 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Darfo Boario Terme una superficie di ettari 3.620.