Nel compartimento territoriale del 1757 Ferrera risultava compreso nella pieve di Valcuvia. Il comune entrò nel 1786 a far parte della provincia di Gallarate, con le altre località della pieve di Valcuvia, a seguito del compartimento territoriale della Lombardia austriaca, che divise il territorio lombardo in otto province. Nel 1787 Varese sostituì Gallarate alla guida della provincia, ma venne subito inglobato nella provincia di Milano, pur rimanendo sede dell'intendenza politica. Nel 1791, soppresse le intendenze politiche, la Valcuvia fu inserita nel distretto censuario XXXVIII della provincia di Milano.
A seguito della legge 26 marzo 1798 di organizzazione del dipartimento del Verbano il comune di Ferrera venne inserito nel distretto di Cuvio. Soppresso il dipartimento del Verbano, con la successiva legge 26 settembre 1798 di ripartizione territoriale dei dipartimenti d'Olona, Alto Po, Serio e Mincio, Ferrera entrò nel distretto di Luino che era stato collocato nel dipartimento dell'Olona. Con il compartimento territoriale del 1801 il comune fu spostato nel distretto II di Varese del dipartimento del Lario. Nel 1805 il comune di Ferrera venne inserito nel cantone V di Cuvio, distretto II di Varese, del dipartimento del Lario. Il comune, di III classe, aveva 179 abitanti. Il progetto per la concentrazione dei comuni del dipartimento del Lario prevedeva l'aggregazione di Ferrera al comune denominativo di Rancio nel cantone III di Cuvio del distretto II di Varese. Dopo la soppressione del cantone di Cuvio, decisa nel biennio seguente, Ferrera venne unito al comune di Cuvio, nel cantone I di Varese del distretto II di Varese. In data 10 novembre 1810 il prefetto del dipartimento del Lario espresse un parere favorevole al reclamo presentato dalle comunità di Rancio, Cassano, Ferrera, Masciago, Bedero, Brinzio, perché Rancio fosse eretto in comune denominativo. Con il successivo compartimento territoriale del dipartimento del Lario, Ferrera era tra gli aggregati del comune di Rancio, nel cantone V di Luvino del distretto II di Varese.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il comune di Ferrera fu inserito nel distretto XVIII di Cuvio. Ferrera, comune con convocato, fu confermato nel distretto XVIII di Cuvio in forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde. Nel 1853, Ferrera, comune con convocato generale e con una popolazione di 388 abitanti, fu inserito nel distretto XXI di Luvino.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Ferrera di Varese con 412 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento III di Cuvio, circondario II di Varese, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 436 abitanti (Censimento 1861). Sino al 1863 il comune mantenne la denominazione di Ferrera e successivamente a tale data assunse la denominazione di Ferrera di Varese. In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia. Popolazione residente nel comune: abitanti 414 (Censimento 1871); abitanti 426 (Censimento 1881); abitanti 552 (Censimento 1901); abitanti 681 (Censimento 1911); abitanti 655 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Varese della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1927 il comune venne aggregato alla provincia di Varese. Popolazione residente nel comune: abitanti 541 (Censimento 1931); abitanti 487 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Ferrera di Varese veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 553 (Censimento 1951); abitanti 472 (Censimento 1961); abitanti 480 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Ferrera di Varese aveva una superficie di ettari 148.