Il primo decreto napoleonico del 1800 emanato per la Lomellina sancisce che il dipartimento dell'Agogna è diviso in 17 distretti, o circondari comunali, Vigevano è capoluogo del secondo distretto e Borgo San Siro, con Magnona, ne fa parte. Con il decreto del 25 Fiorile 1801 invece, considerando che per l'attivazione delle prefetture, vice-prefetture e relativi corpi amministrativi è stata stabilita una nuova divisione dei dipartimenti e dei distretti, Borgo San Siro, con Magnazza, è incluso nel secondo distretto di Vigevano, dipartimento dell'Agogna. Nella compartimentazione territoriale del 28 aprile 1806 Borgo San Siro ricade nel dipartimento dell'Agogna, distretto di Vigevano, cantone primo di Vigevano, come comune di terza classe, unito a Torrazza, con popolazione di 1086 abitanti.
Con la compartimentazione del 7 ottobre 1814 Borgo San Siro, insieme a Torrazza, è incluso nel mandamento di Garlasco, nella provincia di Vigevano. Un nuovo editto del 1815 riorganizza i mandamenti, Borgo San Siro si trova in quello di Gambolò nel cantone unico di Vigevano, provincia di Vigevano. Per mezzo del regio editto del 10 novembre 1818 "portante una nuova circoscrizione generale delle provincie de' regi stati di terra-ferma", Borgo San Siro viene inserito nel mandamento di Gambolò, provincia di Lomellina. Borgo San Siro è comune nel mandamento di Gambolò, la sua diocesi è sotto Vigevano, divisione di Novara. Dipendente dal Senato Piemontese, i suoi uffici di Intendenza sono quelli di Mortara, di Prefettura, Insinuazione e Ipoteca, quelli di Vigevano. Gli uffici di Posta, infine, quelli di Garlasco. La popolazione è di 1028 abitanti. Nella compartimentazione territoriale del 23 ottobre 1859, Borgo S.Siro appartiene al circondario terzo di Lomellina, mandamento quarto di Gambolò, ha una popolazione di 1416 abitanti.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Borgo San Siro con 1.146 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta due membri, fu incluso nel mandamento di IV di Gambolò, circondario III di Lomellina, provincia di Pavia. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 1.175 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un consiglio, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia. Popolazione residente nel comune: abitanti 1.245 (Censimento 1871); abitanti 1.316 (Censimento 1881); abitanti 1.304 (Censimento 1901); abitanti 1.253 (Censimento 1911); abitanti 1.219 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Mortara (Lomellina) della provincia di Pavia. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1927 al comune di Borgo San Siro vennero aggregate la frazione Torrazza e la cascina Durazzina, staccate dal comune di Tromello. Popolazione residente nel comune: abitanti 1.562 (Censimento 1931); abitanti 1.645 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Borgo San Siro veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 1.652 (Censimento 1951); abitanti 1.257 (Censimento 1961); abitanti 1.023 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Borgo San Siro aveva una superficie di ettari 1.733.