Nel 1524 successero i Carafa. Il feudo passò poi agli Spinelli e ai Pignatelli di Marsiconuovo che lo tennero fino all'abolizione della feudalità. Nel Settecento e nell'Ottocento Moliterno conobbe una ripresa generale ed acquistò la fama di capitale culturale della Val d'Agri: infatti, furono istituite scuole, un'accademia di studi, fiorì il teatro (da ricordare il Pulcinella moliternese) e nacque una scuola di medicina. Si distinse , tra gli altri, Giacomo Racioppi.
Con la legge 8 agosto 1806 furono costituite le intendenze e riordinata l'amministrazione provinciale e comunale. La legge 20 maggio 1808 prendeva atto che non era possibile contare solo sui proprietari per l'amministrazione dei comuni ed ampliava i requisiti dell'elettorato passivo, estendendolo a coloro che esercitassero "arti liberali" o gestissero imprese artigiane.
Con la legge del Regno di Napoli 8 agosto 1806 n. 132 furono inoltre istituite tredici province ripartite in distretti, nell'ambito dei quali furono collocate le università. Nell'ottica di una struttura amministrativa centralizzata, i "comuni", termine introdotto proprio con questa legge ancora in alternanza con la denominazione "università", furono sottoposti alla tutela degli intendenti provinciali, dipendenti a loro volta dal ministro dell'interno. Nel Regno di Napoli si insediò il decurionato, organo rappresentativo cui spettava la nomina del sindaco e degli eletti e la discussione dei conti da essi presentati. Con la legge comunale e provinciale 20 marzo 1865 n. 2248 all. A il Regno d'Italia fu ripartito in province, circondari, mandamenti e comuni. La stessa legge istituì presso ogni comune, quali organi rappresentativi e deliberativi sostitutivi del decurionato, un consiglio comunale e una giunta municipale, che avrebbero affiancato il sindaco nell'amministrazione cittadina. In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il comune veniva amministrato da un podestà di nomina regia. Il decreto legislativo 7 gennaio 1946 n. 1 ristabilì gli organi rappresentativi del sindaco, del consiglio e della giunta.