A seguito della delibera della giunta straordinaria di Toscana del 10 dicembre 1808 venne però ripristinata l'autonomia amministrativa, con la creazione della mairie di Marliana, la cui circoscrizione, rimasta da allora sempre immutata, includeva anche le frazioni di Avaglio, Casore, Momigno, Montagnana e Serra. La municipalità era inserita nel dipartimento dell'Arno, sottoprefettura di Pistoia. Giurisdizionalmente Marliana era compresa nella giudicatura di pace di Serravalle, tribunale collegiale di prima istanza di Pistoia.
Con la Restaurazione venne confermata la comunità, inserita nella cancelleria civile di Pistoia e facente capo alla podesteria di Serravalle e al vicariato di Pistoia; dopo la riforma del 1838 e la soppressione di quella podesteria, fu inserita nella podesteria di Monsummano, sempre nell'ambito del tribunale e vicariato di Pistoia. Dopo la riforma del 1848 passò sotto il tribunale di Pistoia, pretura di Pistoia-campagna; amministrativamente era inserito nel circondario prefettizio di Pistoia. Nel 1851, a seguito dell'abolizione di questa prefettura, fu inserita nella prefettura di Firenze, sottoprefettura di Pistoia.
Nel 1825, con l'istituzione dei circondari di acque e di strade, Marliana venne compresa nel circondario di Pistoia; con motuproprio del 10 dicembre 1838 ne venne però distaccata e inserita nel circondario di Monsummano; dopo il 1850 fu compresa nel distretto di Pescia, compartimento di Pistoia. Dopo l'unità entrò a far parte della provincia di Firenze fino alla costituzione della provincia di Pistoia, avvenuta nel 1927.