Nell'alto medioevo Bari fu investita del ruolo di capitale in un primo momento del tema e poi del catepanato. Era dunque riconosciuta importanza preminente ai dirigenti e ai funzionari militari e civili di nomina bizantina che vi risiedevano. «I vertici della scala sociale urbana [tendevano] così a coincidere con quelli della complessa gerarchia politica ed amministrativa dell'organismo più grande costituito dal catepanato. 'Archontes' o 'potentes' a tutti gli effetti, [erano] coloro che [dirigevano] realmente il governo della città». In Bari risiedevano i ranghi elevati della gerarchia bizantina: «'stratego' (comandante del tema), 'catapano' (governatore del catepanato), 'turmarca' (comandante della 'tourma', [cioè la] suddivisione del tema), 'excubitus, comes tes cortes', 'domesticus' (ufficiali di stato maggiore)». Il gastaldo aveva funzione giudiziaria [SB, I, pp. 363-364].
Nel 1354, la regina Giovanna assegnò il feudo di Bari a Roberto, principe di Taranto. Nel 1376 il feudo tornò alla corona. [cfr. V.A. MELCHIORRE, Note storiche su Bari, Bari, Levante, 2001, pp. 30-32].
Dal privilegio di Ladislao di Durazzo del 7 gennaio del 1407 si deduce una precisa definizione dei confini del 'territorium' della città di Bari: «i confini sono la Torre di Mola a sud, la Torre di Argiro, probabilmente nei pressi di Santo Spirito, a nord, e una serie di chiese rurali, strade e toponimi che disegnano un semicerchio che verosimilmente passa poco al di qua di Montrone, Sannicandro e Bitetto» [SB, III, tomo I, p. 82].
Il re Ferdinando I, con privilegio del 9 settembre 1464 (confermato il 27 settembre 1465), donò il ducato di Bari alla signoria milanese di Sforza Maria Sforza [cfr. V.A. MELCHIORRE, Note ..., cit., p. 32 e SB, II, p. 153].
Con la morte di Bona Sforza, avvenuta il 18 novembre 1557, la città tornò ad appartenere, nel 1558, ai possedimenti demaniali [SB, II, p. 5].
Quanto alla rappresentatività degli organi di governo dell'Universitas, «[fu] palese la tendenza verso la semplificazione in due ceti, i 'populares' e i 'nobiles' che ben presto si organizzarono in 'Universitates' o "piazze" distinte che [eleggevano] sindaci distinti. Le prime notizie positive che si abbiano del funzionamento dell'amministrazione locale di Bari riguardano [...] interventi dell'autorità ducale o regia intesi a sedare discordie e a comporre disparità tra la piazza dei nobili e quelli del popolo primario circa la stesura dei catasti, la distribuzione dei "pesi". [...] Non sembra che i primi governi municipali baresi fossero paritari. Sebbene ciascun ceto avesse pari rappresentanti in numerosi organi di governo (1 sindaco, 15 decurioni, 4 catepani) e l'unico mastrogiurato fosse eletto un anno dal ceto dei nobili, l'altro dal ceto del popolo, i giudici che assistevano il baiulo erano in tutto tre, due dei nobili e uno del popolo» [SB, II, p. 219].
La fine del dominio feudale sulla città comportò la fine della tutela che la duchessa Bona Sforza esercitava sulle oligarchie locali. Si inaugurò, in tal modo, un periodo di accese conflittualità all'interno degli organi amministrativi - come già detto in mano alle due Piazze, dei nobili e del popolo primario - tanto che il governo di Napoli non potè esimersi dal prendere provvedimenti. Furono concessi alla città statuti nel 1559, nel 1564 e nel 1570 (estensori dei quali furono rispettivamente il Reggente M. Villanova, l'Uditore G. Martinez e L. Margarita del Sacro Regio Consiglio). Gli statuti stabilivano che il reggimento fosse affidato ad un numero ben definito di famiglie alle quali solo fu garantito l'accesso agli uffici pubblici. Una Lista (1570) le elencava; a quelle rimaste fuori dalla 'Lista', ma per ricchezze e dignità ambivano a partecipare alla gestione del governo non restò che l'integrazione nelle 'élites' di Piazza attraverso lo strumento dell'aggregazione. Strada questa, però, che si rivelava di difficile praticabilità, poiché le due Piazze erano ostinatamente restie all'allargamento della rappresentanza politica [SB, III, tomo II, pp. 8-9].
Preziose fonti per documentare l'attività dell' 'Universitas' di Bari sono gli Statuti e le capitolazioni che ne regolavano il funzionamento, il 'Libro Rosso' ed il 'Libro Magno', i catasti cittadini ed un libro di esiti del XVI secolo. Da questi atti sappiamo che dalla demanialità riacquisita a metà del XVI secolo fino a tutto il XVIII secolo, la città fu retta da due sindaci, che rappresentavano rispettivamente il ceto dei nobili e d il popolo primario. Si rinnovavano ogni anno. Come ogni anno si rinnovavano tutte le cariche equamente distribuite fra i due predetti ceti: i deputati dell'annona, i deputati della fabbrica, della salute, della guerra, i giudici ai contratti, i firmanti dei mandati, i protettori dei monasteri, i razionali (o ragionieri), i revisori dei conti, l' archivista, il cancelliere, ed il mastrogiurato, responsabile della sicurezza dell'abitato durante la notte. Gli statuti contemplavano anche norme per le elezioni e il cerimoniale della procedura per il sorteggio dei nomi dei sindaci e del mastrogiurato fra terne di candidati predisposte nei giorni antecedenti. Tali operazioni traevano carattere sacro dal luogo dove venivano poste in atto: il coro della basilica di S. Nicola. Poiché l'anno civile bizantino cominciava l'1 settembre il rinnovo delle cariche aveva luogo nell'ultima decade di agosto.
Dal 1° aprile del 1798 entrò in vigore un nuovo ordinamento che disponeva l'ingresso nell'amministrazione della città di un terzo ceto, quello del popolo minuto, accanto ai due già noti della nobiltà e del popolo primario. Ciò comportò, quindi, la nomina di tre sindaci in luogo di due, e una variazione nella composizione del consiglio decurionale: dieci membri per ogni ceto. [cfr. V.A. MELCHIORRE, Note storiche..., cit., pp. 60-61].
Con la «legge sulla divisione ed amministrazione del regno» dell'8 agosto 1806 n. 132, e la successiva n. 272 dell' 8 dicembre dello stesso anno, diveniva capitale della provincia di Terra di Bari, nonché capoluogo di distretto.
Il «decreto per la nuova circoscrizione delle quattordici provincie del Regno di Napoli» n. 922 del 4 maggio 1811 e la «legge portante la circoscrizione amministrativa del Regno di Napoli» n. 360 dell'1 maggio 1816 confermarono Bari capitale della provincia, capoluogo di distretto e di circondario.
Per ciò che concerne il toponimo, si segnala la variazione subita nel 1863: il regio decreto n. 1196 del 4 gennaio, giusta deliberazione del Consiglio comunale di Bari del 28 ottobre 1862, autorizzava il Comune ad assumere la denominazione di 'Bari delle Puglie'; nome che mantenne sino al 1931.
Durante la prima metà del Novecento il territorio comunale di Bari godette di numerose annessioni. Infatti, in virtù del decreto reale n. 364 del 16 febbraio 1928 i comuni di Carbonara e di Ceglie del Campo furono aggregati al Comune, di Bari di cui divennero unica frazione denominata 'Carbonara-Ceglie'. Poi, con deliberazione del Consiglio comunale del 15 aprile 1953, i due ex comuni furono distinti in due frazioni.
Ancora, il decreto reale n. 2133 del 6 settembre separò Palese dal Comune di Modugno e, insieme al territorio già barese di Macchie, stabilì la formazione di una nuova frazione: 'Palese-Macchie'. Lo stesso decreto riunì ed aggregò a Bari territori appartenenti alla giurisdizione di Bitonto e di Giovinazzo, creando un'unica frazione denominata Santo Spirito.
Ulteriore ampliamento territoriale fu compiuto allorché, con legge n. 17 dell'11 agosto 1934, zone dei comuni di Triggiano e di Noicattaro furono aggregate a Bari dando vita ad una nuova frazione di nome 'Torrepelosa', che però nel 1934 mutò denominazione in 'Torre a Mare'.
Ultima annessione territoriale barese fu quella di Loseto, che perse lo status di comune per divenire frazione, come stabilito dal decreto reale n. 253 dell'8 febbraio del 1937.
Nel 1970 il Consiglio comunale ridisegnò l'organizzazione territoriale della città suddividendola in 17 quartieri, in cui furono annoverate anche le frazioni su citate; dal 1979 i quartieri furono riuniti in nove circoscrizioni amministrative, secondo il disposto del provvedimento del Consiglio comunale n. 609 del 28 luglio 1979.