Dopo il conflitto mondiale la fabbrica visse un breve periodo di prosperità ed allargamento della produzione e delle vendite. Federico Seneca, uno dei più creativi cartellonisti degli anni Venti, ne divenne Art director, ideando la nota scatola dei "Baci" ed inventando il cartiglio, il bigliettino con la nota poetica.
Nel 1920 assunse la nuova denominazione "La Perugina Cioccolato e Confetture"; la gestione e la direzione furono affidate rispettivamente a Francesco e Giovanni Buitoni.
Nel frattempo l'azienda rafforzò i propri legami con la Buitoni di Sansepolcro, ditta produttrice di pasta, di proprietà della medesima famiglia. Nel 1923 i vecchi soci vennero liquidati, la società si trasformò in anonima ed il ramo perugino della famiglia Buitoni ne assunse il controllo. Giovanni Buitoni fu, infatti, contemporaneamente amministratore delegato della Perugina e presidente della Buitoni. Fu avviato il binomio pasta e cioccolato.
Nei primi anni Trenta, una tassa sullo zucchero creò problemi all'azienda. Per aumentare le vendite, Giovanni Buitoni inventò, allora, un concorso di figurine con montepremi: in palio c'era anche la "Topolino", nota automobile della FIAT. L'iniziativa ebbe un grande successo, ma fu immediatamente contrastata dai concorrenti, creando di nuovo problemi sul mercato italiano.
A partire dal 1935 i prodotti Perugina vennero lanciati sul mercato americano; a New York fu fondata "La Bomboniera", una società di controllo del punto vendita di prodotti italiani della Fifth Avenue, aperto nel 1939, nel quale anche la Buitoni presentava sughi pronti e pasta. Alla vigilia della Seconda guerra mondiale il mercato americano costituiva una sicurezza.
I danni della guerra furono ingenti: gli impianti, già sequestrati dai tedeschi nel dicembre 1943, furono fatti saltare in aria il 17 giugno 1944.
L'organizzazione e la direzione dell'impresa restarono, intanto, nelle mani dei Buitoni, che inserirono la Perugina nella holding familiare internazionale, costituita dalla Buitoni, Buitoni France e Buitoni Foods Corporation.
Dopo le difficoltà di mercato del dopoguerra e i contrasti tra Giovanni, ormai stabilmente negli Stati Uniti, e il resto della famiglia sulla gestione aziendale, a partire dal 1954 fu scelta la strada della produzione di massa orientata verso prodotti più commerciali: iniziò la vendita di cioccolatini sciolti, tavolette e confezioni più economiche.
Negli anni Sessanta furono aperte filiali nelle più importanti città del mondo. Intanto da Fontivegge la Perugina si trasferì nel nuovo stabilimento di San Sisto, sempre a Perugia.
L'11 giugno 1969 la Buitoni venne incorporata alla Perugina e il 15 dicembre dello stesso anno venne data origine all'azienda IBP Industrie Buitoni Perugina di Perugia.
L'antica Perugina ebbe un nuovo periodo di autonomia a partire dal 1981, quando venne scorporata dall'IBP; nel 1985 fu anch'essa acquisita dalla CIR di Carlo De Benedetti con il resto del gruppo, divenuto Buitoni spa, mantenendo la configurazione di società autonoma.
Ricapitalizzata e rafforzata, nel 1988 venne definitivamente ceduta, con l'intero gruppo, dalla CIR alla Nestlè, divenendone comparto nazionale.