Tra la fine del secolo XVI e i primi decenni del successivo la Pieve di Santa Maria Maddalena di Castiglione del Lago esercitò la "cura animarum" in un vasto territorio collocato ad ovest del lago Trasimeno ed attorno ad essa sorsero numerose forme di associazionismo religioso di ispirazione tridentina. La presenza, al suo interno, documentata dal 1593, di un altare intitolato al Rosario, fa pensare che proprio presso tale Pieve vi fosse eretta, già negli anni Ottanta del Cinquecento, la Confraternita del Santissimo Rosario. Dal 1572 vi risulta, inoltre, anche la Confraternita del Santissimo Sacramento e di San Giuseppe di Castiglione del Lago.
Fin dal XVII secolo sembra anche attestata l'esistenza di un altare posto sotto l'invocazione di Sant'Antonio da Padova, da cui avrà origine successivamente la Priorata di Sant'Antonio da Padova di Castiglione del Lago.
Nel secolo XIX si ebbe la ristrutturazione della Pieve, fortemente voluta da don Innocenzo Battaglini. Il progetto però subì varie interruzioni, dapprima a causa dell'occupazione francese, poi per difficoltà di carattere economico. I lavori, iniziati nel 1835, proseguirono con la distruzione nel 1836 della Pieve di Santa Maria Maddalena, già dei Santi Giacomo e Filippo, per concludersi con la riedificazione solo nel 1860. Intanto, nel 1826, sempre per iniziativa di Battaglini, vi venne eretta la Pia unione del Sacro Cuore di Gesù di Castiglione del Lago.
Nella prima metà del secolo XX la Pieve ritrovò un forte slancio religioso con don Tommaso Vecchi, sensibile a salvaguardare le antiche forme di associazionismo religioso e ad accogliere nuove tipologie più vicine alle necessità della popolazione. Nel 1924, infatti, su sua iniziativa, un gruppo di donne della Pieve istituì la Compagnia delle dame di carità di San Vincenzo de' Paoli.
Nel 1934, con decreto del 28 ottobre di monsignor Battista Rosa, la Pieve di Castiglione del Lago venne eretta a Priorata, col conferimento in perpetuo al parroco del titolo di priore. L'assegnazione del titolo onorifico seguì la conclusione della vertenza tra la Parrocchia di Castiglione del Lago e quella di Piana, originatasi fin dall'erezione di quest'ultima nel 1807.
La Parrocchia appartiene all'Arcidiocesi di Perugia e Città della Pieve.