Braccio Fortebraccio da Montone, che nel sec. XV, scelse Fratta come base per compiere scorrerie nel territorio perugino, ampliò il castello e lo fortificò secondo un preciso progetto urbanistico militare.
Dopo la signoria dei Fortebracci, alla metà del Quattrocento, Fratta rientrò nell'orbita del Vicariato di Todi.
La Comunità era governata da un balio e da sindaci eletti; la gestione dei beni patrimoniali spettava ancora al Comune dominante, nella figura del massaro. Nel 1587 Fratta divenne capoluogo dell'intero distretto e, dieci anni dopo, il vescovo gli concesse anche la dignità vicaria.
Grazie al vescovo Angelo Cesi si sviluppò economicamente e demograficamente: il vescovo provvide alla ristrutturazione urbanistica, facendo aprire, tra l'altro, la porta della Spineta. Trasformò la sua dimora in una splendida villa e donò alla Comunità una residenza per le pubbliche assemblee, attuale sede del Municipio, e per il ginnasio.
Dall'inizio del Seicento, Fratta viene governata da due massari con funzioni di magistrato e priore che, designati ogni due mesi tra gli uomini più abili, erano coadiuvati da un consiglio generale, da un camerlengo, da sindaci e da un'assemblea degli anziani. A sovrintendere c'erano i due grandi dicasteri dello Stato pontificio, la Sacra consulta e la Congregazione del buon governo.
La soggezione al Comune di Todi rimase pressoché invariata fino alla fine del sec. XVIII, quando Fratta, in concomitanza con le ondate rivoluzionarie della Prima repubblica giacobina, entrò a far parte della giurisdizione del vastissimo Cantone di Montecastello, a sua volta inserito nel Dipartimento del Trasimeno.
Dopo la prima restaurazione, Fratta, governata come tutti i comuni da un maire, entrò a far parte del Cantone di Marsciano, a sua volta inserito nel Circondario di Todi; nel 1810, in seguito al cambiamento dell'assetto amministrativo periferico degli stati romani, venne soppressa ed annessa a Montecastello.
Con il ripristino dell'autorità pontificia, venne inserita nella Delegazione apostolica di Perugia, sotto il governo di Marsciano.
In seguito alle modifiche introdotte con il motu proprio del 1827, a Fratta venne preposto un priore. Dai legati dipendevano i governatori e da questi i podestà locali, detentori della giurisdizione civile e anche in parte penale.
Fratta venne elevata al rango di comune e soggetta alla podesteria di Montecastello, nel Distretto e Diocesi di Todi, Delegazione di Perugia.
Nel 1831 i podestà vennero soppressi e ci fu un nuovo assetto dell'amministrazione centrale e periferica dello Stato, che rimase in vigore fino al 1849.
Dopo la parentesi rivoluzionaria della Repubblica romana, si istituirono delle commissioni straordinarie e commissioni amministrative municipali che governarono fino all'agosto del 1851, per lasciare poi il posto alle antiche magistrature.

Con il plebiscito dell'autunno 1860 l'Umbria entrò a far parte del Regno d'Italia.
Nell'ottobre 1862 assunse il nuovo nome Fratta Todina.
In epoca postunitaria ha seguito le vicende amministrative ed istituzionali degli altri comuni italiani.