Dobbiamo attendere la costituzione del 1812 per un sostanziale cambiamento di queste antiche istituzioni: solo da allora, infatti, il popolo anziché partecipare direttamente cominciò a mandarvi i propri rappresentanti. Il Consiglio divenne un organo del tutto distinto dal Senato e con un suo Presidente. Venne convocato non più dal Pretore ma dal Capitano Giustiziere e le sue deliberazioni furono soggette all'approvazione del parlamento, non più a quella viceregia.
Ulteriori cambiamenti avvennero dopo il 1816 (quando al Consiglio civico subentrò il Decurionato e cambiò il sistema di elezione dei consiglieri) fino all'annessione della Sicilia al nuovo Regno d'Italia nel 1860.
Questa, a grandi linee, la storia dell'organo collegiale del Comune fino all'Unità.
Per ciò che riguarda invece le altre magistrature municipali, sembra che in epoca precomunale fosse al vertice del governo cittadino un funzionario di nomina regia, il Baiulo, le cui attribuzioni (Baiulatio) concernevano principalmente la riscossione delle rendite e l'esercizio della giurisdizione di prima istanza. Infatti tale magistrato presiedeva una corte locale (Curia baiulacionis) composta da uno o più giudici (eletti dal 1270 dalla comunità) e da un notaio, la quale aveva anche limitate competenze amministrative.
Dopo che l'aragonese Federico III introdusse il Comune in Sicilia con i capitoli dati a Naro nel 1309, in ogni città e terra abitata dell'Isola venne istituita la Giurazia con compiti preminentemente amministrativi e di rappresentanza. Rimase tuttavia al Baiulo l'imperium di magistrato delegato dal sovrano.
A Palermo i Giurati furono sei, divisi per quartieri (dove erano eletti e dei quali erano a capo), e secondo la citata normativa dovevano riunirsi ogni venerdì in un luogo adatto. Dopo il 1311 cominciarono a riunirsi nel Pretorio, sito nel piano di San Cataldo, dove aveva sede la Curia baiulacionis, per decidere a maggioranza sugli affari della città. In questo periodo la città di fatto viene governata, come emerge dai più antichi documenti che si conservano nell'Archivio storico, da un collegio formato dal Baiulo, che lo presiede (eletto annualmente a turno dai quartieri cittadini), dai sei Giurati e da altrettanti Giudici.
L'ufficio dei Giurati fu riformato e meglio definito con i capitoli dell'Univesità del 1330, in cui è previsto anche un Priolu dei Giurati.
Nel frattempo, con protestacio del 14 novembre 1320, il miles Senator de Maida trasformava la denominazione franco-normanna di Baiulus in quella più aulica di Praetor, appellativo che il primo magistrato cittadino mantenne fino alla dittatura garibaldina del 1860.
Nel Quattrocento, in pieno Umanesimo, la classe dirigente cittadina si riconosce nella tradizione romana, dalla quale derivano, non solo il titolo di Pretore ma anche l'uso dell'aquila come emblema della città (urbs) di Palermo.
Successivamente, nel Cinquecento, la presunta alleanza con Roma verrà celebrata anche con l'adozione da parte degli antichi Giurati dei titoli di Senato e Senatori e dell'acronimo, opportunamente adattato, S.P.Q.P. (Senatus Populusque Panormitanus).
Nel tardo Cinquecento il Senato non viene più eletto ma nominato dal Vicerè. Fin dall'età sveva tale organo sedeva in Parlamento, nel braccio demaniale; in epoca viceregia il Pretore di Palermo assume di diritto la presidenza del braccio demaniale del Parlamento.
Il Pretore pro tempore comincia a essere ospitato nel Palazzo Senatorio (attuale Palazzo comunale), il cui primo nucleo di fabbrica, quattrocentesco, viene ora anche per tale motivo ampliato sia verso settentrione che verso occidente.
L'aristocrazia occupa le più alte cariche comunali, creando una vera e propria casta.
Il Senato gestisce molteplici poteri: amministra la città, partecipa all'esercizio del potere politico e legislativo; esercita giurisdizione civile e criminale su tutto il territorio. Tramite la Corte Pretoriana esercita il potere giudiziario.
In assenza del Vicerè, ne prendevano il posto il Capitano giustiziere ed il Pretore, che era allora considerato come Capitano d'armi in caso di guerra.
Ma il Pretore aveva ancora molte altre attribuzioni: forniva al sovrano denari, armi e munizioni per le necessità dello Stato, curava la sicurezza interna e esterna della Città; grazie alle sue fortificazioni, uomini e artiglierie, sedava i frequenti tumulti, presiedeva alle Corporazioni di Arti e Mestieri, delle quali era Capo e Console Maggiore; promuoveva la realizzazione di opere pubbliche; sovrintendeva all'annona; rilasciava attestati di nobiltà e privilegi di cittadinanza etc.
Fra gli ufficiali del Senato, grande prestigio godeva il Sindaco o Procuratore generale della Città.
I Senatori continuavano ad amministrare i singoli quartieri. Nel Seicento il Cassaro fu diviso in due: Primo e Secondo Cassaro, e il quartiere Conceria mutò il nome in Loggia. Ma, nel 1622, il vicerè Conte di Castro promulgava nuove norme sull'ordinamento municipale che avrebbero in parte modificato le attribuzioni del Senato, prevedendo alcune deleghe per materia a carattere generale a singoli Senatori.
Nel secolo XVIII al Senato, che già godeva di diversi privilegi e onoreficenze, fu conferita la "Grandia di Spagna di prima classe" (se ne conserva testimonianza nella pergamena originale di conferimento, conservata nel Tabulario dell'Archivio storico).
Ulteriori modifiche alle istituzioni municipali si ebbero con la costituzione del 1812, stavolta nel senso di una restrizione delle pregorative del Senato. Tuttavia esse ebbero solo un principio di attuazione, per poi essere cancellate, con la creazione nel 1816 del Regno delle Due Sicilie, dal nuovo corpus di norme amministrative introdotto da Ferdinando I.
Viene abolito l'intervento diretto o rappresentativo del popolo nel Consiglio civico.
Il suo posto viene preso dal Decurionato, cui componenti, i decurioni, venivano scelti dell'Intendente (prima autorità amministrativa della Provincia) all'interno di una lista di eleggibili proposta dal Comune ed approvata dallo stesso Intendente.
Tale scelta doveva poi essere confermata dal sovrano.
Inoltre, è da notare una nuova divisione amministrativa del territorio cittadino sulla base di quattro Sezioni urbane (S. Agata, S.Ninfa, S.Cristina, S.Oliva) e due suburbane (Molo ed Oreto).
La Dittatura garibaldina ripristina Consiglio Civico, Senato e Pretore. I titoli di Pretore e Senatore verranno definitivamente aboliti con la legge comunale e provinciale piemontese del 1859, introdotta in Sicilia dal prodittatore Depretis, e sostituiti con quelli di Sindaco e Giunta (che verranno affiancati sempre da un Consiglio).
In base all'art. 13 di questa legge, Palermo ebbe un Consiglio elettivo di 60 membri, che si rinnovava ogni anno per un quinto, e una Giunta composta, oltre che dal Sindaco che la presiedeva, da 8 Assessori titolari e 4 supplenti, scelti dal suo seno. Il Sindaco era di nomina governativa e durava in carica tre anni.
La stessa legge aboliva il tradizionale decentramento amministrativo e suddivideva la città in sei "mandamenti" (Palazzo Reale, Tribunali, Castellammare, Monte di Pietà, Molo e Orto Botanico) che fungevano da circoscrizioni elettorali.
La legge del 1889 modifica il sistema d'elezione del Sindaco: non più di nomina governativa ma eletto dal Consiglio nel suo seno.
Con l'avvento del Fascismo anche Palermo ha il suo Podestà, magistrato unico, a partire dal 1926.
Liberata la Sicilia (1943), Palermo dopo la gestione straordinaria del colonnello Charles Poletti normalizza la sua attività amministrativa in senso democratico, soprattutto con l'istituzione della Regione a statuto speciale nel 1946 e il successivo Ordinamento degli Enti Locali del 1955.
Il resto è storia recente con le leggi regionali 48/91 e 26/93, che oltre ad intervenire sulle competenze e sulla composizione degli organi collegiali del Comune introducono l'elezione diretta del Sindaco a suffragio universale.