Nel 1564 Cristoforo Savelli vendette la baronia al suocero Roberto Strozzi, il quale quattro anni dopo la cedette a sua volta ad Alfonso Soderini. Da Nicola Soderini e dai suoi creditori, con istrumento del 24 gennaio 1641 la baronia fu venduta al Cardinale Francesco Barberini alla cui famiglia rimase sino al 1798, epoca della prima invasione francese.
Nel corso del XVI secolo, frattanto, il feudo era passato da possedimento del reame di Napoli a territorio dello Stato Pontificio. Con l'istituzione della Prima Repubblica Romana la baronia venne smembrata in tre distinti comuni con amministrazione autonoma - Collalto, Nespolo e Collegiove - successivamente riaggregati negli anni della Restaurazione.
Durante il dominio francese Collalto fu ascritto dapprima al dipartimento del Clitunno, cantone di Castelvecchio, per passare poi al dipartimento di Roma, circondario di Rieti, come comunità appodiata del capoluogo di cantone Canemorto (Orvinio).
Con la Restaurazione e la riforma del 1816 fu ricostituita la baronia di Collalto nell'ambito della provincia di Sabina, delegazione di Rieti, governo distrettuale di Rieti. Nel dicembre 1817, in seguito alla rinuncia del principe Francesco Barberini ai diritti feudali Collalto divenne governo di secondo ordine con gli appodiati Nespolo e Collegiove; nel riparto territoriale del 1827 risulta podesteria dipendente dal governo di Canemorto, con le dipendenze di Nespolo e Collegiove e gli appodiati di Ricetto e San Lorenzo. Dopo l'annessione al Regno d'Italia, avvenuta nel 1860, Collalto, come tutta la Sabina, fu compreso nella provincia di Perugia alla quale rimase fino al 1923, anno in cui passò alla provincia di Roma, fino alla successiva annessione alla neo-istituita provincia di Rieti, verificatasi nel 1927. Con l'unità d'Italia le tre amministrazioni comunali di Collalto, Nespolo e Collegiove furono nuovamente separate. Con R. D. del 1863 la denominazione originaria di Collalto venne modificata in "Collalto Sabino"