Della prima fase storica del Conservatorio va ricordato l'avvio di consuetudini che ebbero in seguito grande sviluppo: in particolare le annuali accademie musicali aperte al pubblico cittadino, che da un lato rappresentavano prove generali dei giovani studenti e dall'altro proposte di concerti con programmi innovativi in cui figuravano sia opere poco note dei classici e romantici (nel 1844, per esempio, venne eseguita pubblicamente e per la prima volta in Italia la Messa da Requiem di Mozart) o di altri autori 'ultramontani' (Pixis, Rode, Rust, Hummel...), sia di compositori allora considerati 'antichi' quali Alessandro Scarlatti, Gastoldi, Paisiello, Piccinni. Queste consuetudini, radicatesi nel corso dei decenni nella vita musicale milanese, manifestano anche il progressivo inserimento del Conservatorio nel sistema musicale cittadino.
Un momento cruciale e assai significativo per la storia del Conservatorio, in particolare per gli esiti futuri che avrebbe avuto, risale agli anni '50 del secolo ed è frutto del contributo di forti personalità di docenti e dirigenti quali Lauro Rossi, Alberto Mazzucato e, subito dopo, Antonio Bazzini. Venne infatti inaugurata la riforma degli studi e modificata la struttura istituzionale: da convitto il Conservatorio divenne Liceo musicale; il direttore venne sostituito dal Curatore governativo con responsabilità di tipo amministrativo (poi Presidente); il Censore assunse responsabilità didattiche; vennero istituite le nuovi classi di Arpa, Mimica portamento e gesto, Storia della musica e, last but not least, cambiò sostanzialmente la concezione del musicista compositore, ora artista 'creatore', e conseguentemente quella del cantante e dello strumentista, ritenuti non più soltanto professionisti della musica da impiegare nei teatri e nelle cappelle, bensì a loro volta artisti interpreti dell'opera. Grazie a questa radicale riforma il Conservatorio si trasformò da scuola professionale in accademia d'arte garante della tradizione musicale ma, al tempo stesso, polo di riferimento delle future forme di rinnovamento e, in definitiva, quale forza culturale trainante all'interno del tessuto cittadino.
Particolarmente rilevante risulta poi la posizione del Conservatorio nella complessa situazione culturale nazionale post-unitaria (1861), posizione caratterizzata da atteggiamenti per un verso critici verso il melodramma italiano di tradizione romantico-risorgimentale e simbolo dell'unità nazionale, e dall'altro da manifestazioni di apertura verso la cultura europea e in particolare germanica. All'indomani dell'unificazione, due giovani e promettenti studenti, Arrigo Boito e Franco Faccio, si fecero protagonisti di battaglie per il rinnovamento in tal senso della musica, dando il via ad accese polemiche tra i sostenitori dell'arte di tradizione italiana e quella invece 'avvenirista' che prendeva a modello l'opera wagneriana o, meglio, ciò che di quest'opera era noto negli anni precedenti al 1871, data della prima rappresentazione in Italia del Lohengrin. È un'epoca in cui il Conservatorio, assieme all'Accademia di Brera, diviene uno dei principali poli di riferimento della Scapigliatura milanese; in cui i programmi di studio vengono completamente rinnovati grazie a personalità di spicco e di cultura europea quali Alberto Mazzucato, direttore del Conservatorio e della Scala dal 1859; in cui nel maggiore teatro milanese vengono rappresentate, -con grande scalpore di pubblico e critica - opere manifestamente aggressive nei confronti della tradizione e all'insegna del rinnovamento quali l'Amleto di Faccio e il Mefistofele di Boito; in cui si assiste alla progressiva 'rinascita della musica strumentale' e all'istituzione della Società del Quartetto (1864), della Società orchestrale e della Società dei Concerti che traggono origine da attività svolte in collaborazione fra l'istituto e la Scala. Inoltre, inizia, sotto la direzione di Bazzini e di Gallignani, la stretta collaborazione fra il Conservatorio e il maggiore teatro cittadino che negli ultimi decenni del secolo e durante tutta la prima metà del '900, accoglie sulle proprie scene figure prominenti del Conservatorio quali Ponchielli, Bazzini, Catalani, Mascagni e Puccini.
In questa stessa epoca post-unitaria il Conservatorio di Milano è prescelto dal Ministero della pubblica educazione del nuovo Governo quale modello nazionale per l'organizzazione degli studi musicali. In realtà la regolamentazione degli studi musicali italiani sarebbe poi continuata durante tutto il '900 per terminare nel 1999 con la legge n. 508 che trasformò i Conservatori in "istituti superiori di studi musicali". In tutte le fasi intermedie di questa lunga storia il Conservatorio di Milano, i suoi docenti e direttori (da Gallignani a Giacomo Orefice, Ildebrando Pizzetti, Riccardo Pick Mangiagalli, Giorgio Federico Ghedini, Jacopo Napoli, Michelangelo Abbado e Guido Savetti) risulta costantemente attivo e partecipe.
Il 1908 con i festeggiamenti per il primo centenario e la costruzione della "Sala grande" dei concerti (distrutta durante il secondo conflitto mondiale) può essere considerato l'avvio del terzo periodo della storia del Conservatorio e della successiva fase durante il regime fascista. A quest'epoca, fra le meno felici della storia, risale il documento anti-modernista e contrario agli orientamenti di Casella e Malipiero di cui risultano firmatari il direttore del Conservatorio Ildebrando Pizzetti con i compositori Alceo Togni e Ottorino Respighi.
La fase della ricostruzione post bellica venne diretta in un primo momento da Riccardo Pick Mangiagalli e poi negli anni '50 da Giorgio Federico Ghedini che apre il Conservatorio alla cultura musicale internazionale, messa al bando nella prima metà del secolo, favorendo così la conoscenza della musica dodecafonica e delle espressioni più avanzate della musica contemporanea. Inoltre, come docente di composizione, Ghedini infonde l'interesse per la sperimentazione ai suoi allievi fra i quali vanno annoverati Luciano Berio, Luigi Maderna, Niccolò Castiglioni e Giacomo Manzoni. Dagli anni '60 il Conservatorio entra in una delle fase più vive e sperimentali della sua storia: fra gli insegnanti si annoverano nomi che hanno segnato la storia della musica e del concertismo internazionale. Per ricordarne alcuni: i musicisti Carlo Vidusso, Paolo Borciani, Bruno Giuranna, Piero Rattalino, Antonio Balista, Ruggero Chiesa, Bruno Canino, Emilia Fadini, Michele Campanella, Riccardo Muti; i compositori Franco Donatoni, Bruno Bettinelli, Giacomo Manzoni, Guido Farina, Armando Gentilucci, Riccardo Chailly; storici della musica quali Riccardo Allorto, Federico Mompellio, Francesco Degrada e Guido Salvetti sui cui testi si sono formate le successive generazioni di musicisti e musicologi; personalità della cultura quali Salvatore Quasimodo e Fernanda Pivano.
Gli anni '60 sono segnati anche dal grande afflusso di studenti e soprattutto dall'avvio di un processo di revisione dei corsi e dei programmi di studio; si promuovono inoltre attività stimolanti per gli studenti quali master class, seminari e scambi internazionali e nuovi corsi sui fenomeni musicali più attuali come il jazz e la musica elettronica Nel 1965 viene attivato il corso di Musicologia.
Da tutte queste attività del Conservatorio derivano infine la produzione di una documentazione archivistica di notevole entità, una Biblioteca con un patrimonio storico-musicale fra i più significativi in Europa e un Museo degli Strumenti musicali (1898). Biblioteca, Archivio e Museo sono a tutt'oggi conservati presso la sede del Conservatorio.

Attualmente il Conservatorio "Giuseppe Verdi" di Milano è uno tra i più grandi Istituto di formazione musicale in Italia. Fa parte del sistema dell'Alta Formazione Artistica e Musicale (AFAM), parallelo a quello universitario, al quale lo studente accede con la maturità e previo accertamento delle competenze musicali acquisite. Rilascia diplomi accademici di primo e secondo livello, equivalenti alle lauree universitarie triennale e quinquennale. Il Conservatorio è sede, oltre che dei corsi istituzionali, di una ricca gamma di iniziative culturali (masterclass, seminari, concerti in sede e fuori), e ospita nelle sue sale numerose stagioni concertistiche della città.