Successivamente i Longobardi interruppero il breve dominio bizantino (ripristinato in seguito alla sconfitta degli Ostrogoti nella Guerra gotica) sulla città, che fu capitale d'Italia sino al 571, quando la sede della corte longobarda fu spostata a Pavia. Verona rimase comunque capitale di un importante ducato longobardo fino alla calata dei Franchi nel 774. Alla caduta dei Longobardi seguì la nascita dell'Impero carolingio con l'incoronazione di Carlo Magno (800); questi assegnò al figlio Pipino la parte longobarda dell'Impero. La città fu spesso meta degli imperatori carolingi, che vi soggiornarono anche per lunghi periodi, e ospitò numerose diete. Rimase sempre fedele agli imperatori del Sacro Romano Impero durante tutta la lunga lotta per le investiture con il Papato. La nascita del Comune si ebbe nel 1136 con l'elezione dei primi consoli, mentre andavano delineandosi i due partiti dei guelfi e dei ghibellini; nel contado si trovavano le maggiori forze del partito guelfo (con massimi esponenti i conti di Sambonifacio), mentre la città era prevalentemente ghibellina (tra i maggiori esponenti i Montecchi, resi famosi dal dramma Romeo e Giulietta di Shakespeare).
Verona fu anche sede papale per cinque anni. Papa Lucio III nel 1181 stabilì in città la Curia pontificia e alla sua morte, nel 1185, venne sepolto nel coro del Duomo. Nel Conclave che si tenne a Verona nello stesso anno fu eletto papa Urbano III, risoluto a scomunicare l'imperatore Federico Barbarossa, ma i veronesi, temendo ritorsioni da parte di Federico, protestarono contro un tale procedimento preso all'interno delle loro mura al punto che Urbano, nel 1186, decise di trasferirsi insieme alla Curia a Ferrara, dove morì pochi mesi dopo.
Le continue dispute tra le fazioni avverse vennero infine a cessare nel 1223, quando Ezzelino III da Romano ottenne il potere su Verona. Egli riuscì ad ottenere il titolo di vicario imperiale in Italia e da quel momento iniziò un lungo periodo di battaglie e di saccheggi di città e castelli guelfi, che cercavano di tenergli testa. Ezzelino infine venne catturato e morì poco dopo. A Verona la fazione ghibellina mantenne il potere e, con Mastino I della Scala, la città passò in forma non traumatica da Comune a Signoria. Fu in particolare con Cangrande I della Scala, signore illuminato e rispettato, che la città riscoprì un nuovo periodo di splendore e importanza, tanto che Dante dedicò a lui l'intera cantica del Paradiso nella Divina Commedia. Il suo potere si estese su buona parte dell'Italia settentrionale: divenne signore anche di Vicenza, Padova, Belluno, Feltre, Monselice, Bassano, Treviso, oltre che vicario imperiale di Mantova e capo della fazione ghibellina in Italia. Cangrande però morì a soli 38 anni, lasciando la Signoria senza discendenti diretti; il potere venne preso dal nipote Mastino II della Scala, che, con l'acquisizione di Lucca, allargò il dominio fino al Mar Tirreno. Tale espansione territoriale preoccupò gli stati confinanti e provocò la formazione di una lega promossa dalla Repubblica di Venezia a cui aderirono Visconti, Carraresi, Estensi e Gonzaga, contro i quali l'esercito veronese combatté due grandi battaglie prima della resa definitiva. La Signoria scaligera venne infine occupata dai Visconti. Il dominio visconteo fu rigido ma di breve durata, e, approfittando della morte di Gian Galeazzo Visconti, Francesco da Carrara entrò in città e se ne proclamò Signore il 24 maggio 1404. Venezia approfittò del malcontento dei veronesi e dei disordini che continuavano, così il suo esercito, aiutato in parte anche dalla cittadinanza, il 22 giugno 1405 riuscì a entrare in città e a chiudere la breve parentesi Carrarese. Sotto la dominazione veneziana la città godette di un lungo periodo di pace che si perpetuò sino al 1501, quando la Repubblica Veneta venne attaccata dalle potenze della lega di Cambrai. Conclusasi la guerra, ricominciò per Verona un nuovo periodo di pace, funestato dalla peste, portata in Italia nel 1630 da soldati tedeschi, che causò il decesso di ben più della metà della popolazione. Il XVI secolo vide comunque un rifiorire dell'economia e la costruzione di chiese e di palazzi importanti, di cui uno degli artefici più importanti fu l'architetto Michele Sammicheli. In questo periodo di rinascita artistica e culturale nacque anche la famosa tecnica dei concerti di campane alla veronese, oltre a decine di accademie che determinarono un fiorire di attività culturali di dimensione europea.
Nel maggio del 1796, le truppe de generale Napoleone Bonaparte e le idee rivoluzionarie francesi sconvolsero la tranquillità dei veronesi: gli austriaci in ritirata occuparono Peschiera, violando la neutralità veneta, e Napoleone ne approfittò per occupare a sua volta Peschiera e per entrare successivamente a Verona. Nel 1797 Napoleone, con il Trattato di Campoformio, cedette la città agli austriaci, dopo che la stessa aveva tentato una coraggiosa rivolta antifrancese, le cosiddette Pasque Veronesi. Col successivo Trattato di Lunéville, Verona venne divisa in due lungo il corso dell'Adige: la parte destra ai francesi, la sinistra (che i francesi chiamarono dispregiativamente Veronette, da cui il nome Veronetta) agli austriaci, e così rimase fino al 1805, quando questi ultimi cedettero l'intero Veneto alla Francia. Con il Congresso di Vienna del 1815 Verona passò stabilmente in mano austriaca fino al 1866, diventando il vertice strategicamente più importante del Quadrilatero, area di maggiore importanza militare nella strategia asburgica, che doveva fungere da cuscinetto contro gli assalti dei Piemontesi, orientati alla conquista del Lombardo-Veneto austriaco. La storia di Verona italiana ebbe inizio il 16 ottobre 1866 con la conquista del Veneto da parte dei Savoia a seguito della terza guerra di indipendenza. Nel 1882 Verona fu colpita da una tremenda alluvione, e l'Adige allagò buona parte della città, così, negli anni successivi, per proteggere il centro abitato da altre piene, vennero edificati i cosiddetti muraglioni, facendo venir meno uno dei suoi aspetti più caratteristici, di città che viveva sull'acqua.
Durissima fu la parentesi della seconda guerra mondiale, durante la quale fu una delle città più colpite dai bombardamenti. Dopo la caduta del fascismo Verona, sede di cinque ministeri e di importanti comandi tedeschi, era infatti diventata centro nevralgico della Repubblica Sociale Italiana. Il processo di Verona, intentato contro Galeazzo Ciano e altri gerarchi fascisti, accusati di aver tramato con Badoglio per far arrestare Mussolini, decretò la loro esecuzione sommaria nel poligono di forte Procolo, non lontano dalle rive dell'Adige.