La situazione rimase invariata per più di un secolo, ancora nel 1450 l'abate commendatario Giovanbattista Orsini aggiungeva al feudo di Salisano il castello diruto di Fatucchio per venire incontro alle esigenze dei monaci. Nel 1500 la signoria di Salisano passò agli Orsini che poi la concessero in premio a Galeotto Ferreoli, il quale per loro interessamento si era dato all'avvocatura ed aveva vinto numerose cause importanti; la donazione venne confermata nel 1532 da Clemente VII. Ferreoli fu un signore dispotico e violento solito ad ogni tipo di abuso nei confronti della popolazione: la cittadinanza non lo tollerò a lungo e nel 1542 fu ucciso durante un'insurrezione. Dal 1545 in poi il castello e il feudo passarono sotto il diretto controllo della Reverenda Camera Apostolica; i cittadini non vennero puniti per la loro ribellione, ed anzi con breve del 4 giugno 1545 furono autorizzati alla demolizione del palazzo baronale, simbolo dell'arroganza dell'antico signore. Durante la parentesi del dominio francese il comune fu ascritto dapprima al dipartimento del Clitunno, cantone di Poggio Mirteto (1798-1799) per passare poi al dipartimento di Roma, circondario di Rieti, cantone di Poggio Mirteto (1810-1814) con alle dipendenze Mompeo e Castel San Pietro. Con la Restaurazione e la riforma del 1816 Salisano fu inizialmente sede di governo, poi nel 1817 divenne appodiato di Mompeo, dipendente dal governo di Fara, delegazione di Rieti e distretto di Poggio Mirteto. Nel riparto territoriale del 1827 Salisano con Rocca Baldesca risulta podesteria, con le comunità dipendenti di Castel San Pietro, Mompeo e Casaprota, mentre in quello del 1831, è governo nell'ambito del distretto di Fara. Dopo l'annessione al Regno d'Italia, avvenuta nel 1860, il comune entrò a far parte della provincia di Perugia, dal 1923 appartenne alla provincia di Roma finchè nel 1927 fu incluso nella neoistituita provincia di Rieti