Con la conquista da parte dei Normanni, la città si elevò a capitale di uno dei più vasti e potenti domini feudali del Regno di Sicilia: nel 1088 Boemondo I d'Antiochia divenne sovrano del Principato di Taranto a seguito dell'annessione di ampi territori tra cui quelli di Otranto, Gallipoli e Brindisi. La dominazione sveva confermò la centralità politica della città all'interno del Principato guidato da Manfredi fino all'avvento dei Francesi (1266). La municipalità tarantina iniziò allora ad acquisire "una dignità ignota ai tempi in cui i delegati erano convocati d'autorità dal sovrano per contemplarne la «serenità del volto» e per riferire alla cittadinanza i suoi voleri. Il corpo sociale cittadino tendeva a costituirsi e a riconoscersi nell'università, a esprimere rappresentanti" [F. Porsia - M. Scionti, "Taranto", Roma-Bari, Laterza, 1988, p. 43]. Numerosi diplomi, soprattutto dei principi angioini, confermano la "spiccata personalità politica dell'organismo municipale che gestisce i poteri locali della comunità cittadina, la capacità di iniziativa, di intervento e mediazione politici, l'attitudine a difendere e tutelare propri diritti ed interessi" [A. Airò, Per una storia dell' "Universitas" di Taranto nel Trecento, in "Archivio storico italiano", CLVIII (2000), pp. 29-84, a p. 34].
Le fonti documentarie, costituite dalle pergamene conservate presso l'Archivio di Stato di Taranto e dal Libro rosso custodito nella biblioteca del Liceo Archita di Taranto, testimoniano l'esistenza ben delineata della struttura istituzionale dell'"universitas civium" già a partire dai primi anni del XIV sec., (cfr. A. Airò, op. cit.). A partire da quest'epoca è accertata l'articolazione dell'Universitas di Taranto in una serie di magistrature di carattere politico-amministrativo: oltre a sindaci, giudici e baiuli (questi ultimi funzionari ordinari con compiti prevalenti di polizia urbana e rurale, che a Taranto furono presto assorbiti nelle magistrature dell'Universitas) sono menzionati gli addetti alla riscossione dell'apprezzo, i gabellieri, i doganieri e una serie di funzionari a cui erano demandati incarichi minori tra cui i quattro "probi et boni viri" eletti annualmente e addetti alla sorveglianza notturna della città. Alla morte dell'ultimo principe di Taranto Giovanni Antonio del Balzo Orsini (1463), il Principato fu avocato alla corona regia e l'Universitas tarantina fu inclusa nel Demanio regio per concessione del re Ferdinando I d'Aragona. Nel 1465 all'Universitas vennero concesse da Ferdinando I i capitoli del "novo Regimento, provisto e istituito dall'Universitas con lunga et piena deliberazione", [P. Ridola, "Gli statuti municipali e lo statuto di Taranto «per lo bono regimento et quieto vivere»", in "Japigia", XVI (1945), n. I-II, pp. 67-85]. Il privilegio testimonia l'esistenza di una struttura amministrativa dell'Universitas ormai consolidata attraverso una dettagliata descrizione delle magistrature, e degli organi del governo della città.
La legge del Regno di Napoli 2 agosto 1806 n. 130, emanata da Giuseppe Napoleone, abolì definitivamente la feudalità; la successiva legge 8 agosto 1806 n. 132 suddivise il Regno di Napoli in province e distretti, nell'ambito dei quali furono ripartiti i comuni. Ai sensi del decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, che stabilì la circoscrizione delle province napoletane, il comune di Taranto divenne sede di circondario e di distretto (cfr. F. Assante, "Città e campagne nella Puglia del secolo XIX", in Quaderni Internazionali di Storia Economica e Sociale, Genève, Librairie Droz, 1975, p. 343).
Nel decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 il comune, che contava allora 14111 abitanti, era annoverato con la stessa circoscrizione amministrativa risultante dal precedente decreto ed era classificato tra i comuni di prima classe, ossia quelli con una popolazione pari o superiore ai 6000 abitanti; il suo circondario includeva il solo comune di Taranto, mentre il suo distretto comprendeva, oltre a quello di Taranto, i circondari di Martina, Grottaglie, S. Giorgio, Sava, Manduria, Massafra, Mottola, Castellaneta e Ginosa. In qualità di capoluogo di circondario, presso il comune avevano sede l'ufficio del Giudice regio e le carceri circondariali.
Ai sensi della legge 8 agosto 1806 n. 132, sostanzialmente riconfermata dopo la restaurazione borbonica dalla legge del Regno delle due Sicilie 12 dicembre 1816 n. 570, l'operato degli organi amministrativi del comune di Taranto fu sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Terra d'Otranto sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più circoscritti, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Taranto.
A fine Ottocento Giacomo Arditi descriveva Taranto come "città marittima ad ovest di Lecce, capoluogo di circondario e di collegio politico elettorale, sede arcivescovile, di tribunali, di Pretura e di altre instituzioni: centrale delle frazioni Talsano, Statte, Crispiano" (G. Arditi, "Corografia fisica e storica della provincia di Terra d'Otranto", Lecce, Stab. Tip. Scipione Ammirato, 1879, vol. VI, p. 580).
Con decreto del Regno d'Italia 2 settembre 1923 n. 1911 fu istituita la Provincia di Taranto cui furono annessi tutti i comuni fino ad allora inclusi nell'omonimo circondario, tra i quali il comune di Taranto che divenne sede di Prefettura.
Secondo il disposto della legge 8 giugno 1990 n. 142, il comune di Taranto ha sancito la propria autonomia regolamentare dotandosi di uno statuto, pubblicato nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 101 str. del 26 maggio 1992; le relative modifiche sono state pubblicate nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 87 del 13 agosto 1999.
In seguito all'emanazione della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di Taranto è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della Giunta municipale. Il 9 aprile 1993 la frazione di Statte diventa comune autonomo separandosi da quello di Taranto e mantenendo i confini della precedente circoscrizione.