Il servizio militare però lo costringe ad andare in aspettativa come magistrato e dal 1939 al 1942 è impiegato come ufficiale nell'esercito italiano in varie parti d'Italia e solo per una serie di casi fortuiti non prende parte ai combattimenti.
Nel maggio del 1942, dopo essere stato congedato, ritorna ad Arezzo, dove l'8 marzo 1943 si sposa per la prima volta. Nello stesso anno prende servizio come sostituto procuratore a Vicenza e poi come "applicato" a Venezia. L'8 settembre del '43 torna a Vicenza.
Qui, unico magistrato senza tessera fascista, si espone al regime scarcerando molte persone che erano state carcerate in maniera arbitraria. Avvisato che una squadra fascista lo sta cercando, con la moglie scappa e va a Firenze e da qui a Scansano dove risiede una zia della moglie. Rimane a Scansano fino al 15 giugno 1944, giorno della liberazione di Grosseto.
Grosseto segna un'altra tappa importante della vita professionale e culturale di Marcello Morante: reintegrato per legge nella magistratura in quanto oppositore al fascismo, prende servizio alla procura di Grosseto. Ma questo incarico dura poco più di un anno. Infatti, nel settembre 1945 decide di abbandonare la magistratura per dedicarsi alla professione di avvocato, che praticherà per circa quaranta anni fino al 1986. Parallelamente all'attività forense si impegna in politica: nel 1947 si iscrive al PLI, e in pochi mesi è direttore dell'organo dei liberali grossetani "L'Ombrone". L'attività in questo partito dura tuttavia poco tempo, e ben presto, prendendo atto dalla sua distanza dalle posizioni del PLI, ne esce. Entra, di lì a breve, nel Partito repubblicano italiano, nell'ambito del quale ricoprirà la carica di segretario provinciale e quella di direttore del giornale "Etruria Nuova", organo dei repubblicani maremmani. In questo periodo è anche editorialista della "Voce Repubblicana", e negli anni a seguire collaborerà con articoli di fondo a giornali nazionali come "Il Nuovo Corriere" di Romano Bilenchi, "Il Mondo" di Mario Pannunzio e "Il Paese" di Mario Melloni. Tra le sue collaborazioni, anche quella con il giornale "La Gazzetta di Livorno", diretta dal comunista Umberto Comi. Proprio su questo giornale, Marcello Morante comincia la sua battaglia contro la proposta di riforma elettorale poi passata alla storia come "legge truffa". Questa battaglia provoca la frattura tra la maggioranza repubblicana e l'ala sinistra del partito, di cui Morante diventa un leader nazionale unitamente ad Antonicelli, Camprini, Schinetti, Parmentola, Zuccarini, Sabbatucci. Morante è tra i protagonisti della scissione, consumata a Roma alla fine del 1952, e convince Ferruccio Parri ad aderire, assieme ai transfughi repubblicani e socialdemocratici (tra i quali Tristano Codignola e Piero Calamandrei) al nascente movimento di Unità popolare. Il partito, i cui pochi voti risulteranno decisivi per non far scattare il premio di maggioranza stabilito dalla "legge truffa", conta a Grosseto adesioni come Luciano Bianciardi, Carlo Cassola e l'avvocato Chioccon, che con Marcello Morante divideva all'epoca anche la professione forense.
Proprio con Cassola e Chioccon Morante viene confermato, nel 1955, consigliere comunale a Grosseto. Ma a differenza dei primi due non confluirà, esauritasi l'esperienza del movimento di Unità popolare, nel Partito socialista italiano.
La sua posizione rimane quella di un indipendente, convinto assertore dell'unità della sinistra e profondamente contrario all'anticomunismo che si faceva strada tra i socialisti. Nel decennio successivo, rifiutando la candidatura per il Senato nelle file del Partito comunista italiano, mette fine al suo diretto coinvolgimento nella vita politica locale e nazionale. Se l'impegno politico di Morante ha avuto tappe precise, incessante invece è la sua attività di uomo di cultura. Con i già citati Bianciardi, Cassola e Chioccon ha animato la vita culturale della cittadina grossetana promovendo incontri letterari, convegni e conferenze su vari argomenti.
Dal 1975 al 1985 è stato direttore del Teatro sperimentale, collaborando soprattutto con l'assessore alla cultura di allora Gianfranco Elia. Proprio il teatro sarà una delle sue grandi passioni. A tutt'oggi si contano circa 70 drammi (editi e non) scritti da Morante, molti dei quali tradotti e rappresentati anche all'estero come "In nome del cappellaio" e "Una sera nell'orto". Invece con "Il gioco" e "Lo sconosciuto chiamato Isabella" ha vinto rispettivamente nel 1970 il premio del Teatro stabile dell'Aquila, e nel 1980 il premio dell'Istituto del dramma italiano.
Nel 1968 ha pubblicato una raccolta dei suoi drammi dal titolo "Teatro 1967-68". Anche nel campo della narrativa ha pubblicato "Maledetta Benedetta" (1986), dove ripercorre la storia della sua famiglia e soprattutto il difficile rapporto della sorella Elsa con la madre, il "Dialogo con l'eterosessuale" (1993) e "Nudo e sporco. Un'autobiografia sdoppiata" (2000). Oltre che autore e regista ha esordito nel 1963 come attore nel film di Pier Paolo Pasolini "Il Vangelo secondo Matteo", nella parte di Giuseppe.
Nel frattempo, Marcello Morante ha continuato la sua lunga attività di pubblicista e polemista. Nel 1989 ha fondato e diretto, per alcuni anni, il periodico locale "Nero su Bianco".
Morante è morto nel 2005.