Il 1846 portò profonde modifiche nel mondo culturale romano con enormi aspettive nei confronti di Pio IX, che doveva essere incoraggiato contro la Curia reazionaria. Il Gennarelli fu partecipe di varie iniziative fra le quali la consegna a Bologna di un monumento del Papa per rinsaldare i legami con questa città. Gennarelli partecipò alla missione "in nome del popolo romano" nell’ottobre del 1847. "Dissi che Pio IX avrebbe proceduto sicuramente nella via delle riforme con lo scudo del suo diritto" ( Achille Gennarelli, "Pio IX", in Leone Carpi, "Il Risorgimento italiano. Biografie storico politiche", Milano, Vallardi, 1884-1886 pp. 168-169). Ritornato a Roma ricevette conferma direttamente dal Papa della giusta interpretazione del suo pensiero: «ripeta pure che il papa non indietreggia». Nel fondo vi è uno scritto autografo sul discordo di Bologna. Dal 20 novembre 1847 collaborò alla fondazione ed alla compilazione de «L’Unione. Giornale quotidiano politico, letterario artistico» diretto dall’amico Ottavio Gigli. Gennarelli attribuiva, seguendo il parere di molti, il cambiamento politico di Pio IX all’influenza del cardinale Antonelli segretario di Stato. Il 1848 vede Gennarelli impegnato nell’attività di giornalista politico. Dal gennaio collaborò a «La speranza. Giornale degli interessi sociali indirizzato alla guardia civica». (4 agosto 1847-30 dicembre 1848. Direttore M. Mannucci poi Achille Gennarelli dal 3 ottobre). Il giornale sosteneva la necessità di riprendere la guerra con l’Austria appoggiandosi al moderatismo piemontese. Dal 13 gennaio 1849 il giornale si chiamò «La speranza italiana» con lo stesso orientamento liberal democratico; dal 27 marzo del 1849 il giornale mutò di nuovo nome chiamandosi «La speranza dell’epoca». Nell’aprile del 1849 Gennarelli fu eletto deputato per la provincia di Ascoli Piceno, ma i successivi avvenimenti non gli dettero modo di svolgere grande attività. Nell’ottobre del 1849 cominciò un periodo di clandestinità che lo condusse poi all’esilio fiorentino come deputato della Costituente romana del 1949. Il 6 agosto 1859 uscì il primo numero del «Il Risorgimento italiano» diretto da Gennarelli e finalizzato alla battaglia contro il malgoverno clericale. Dopo il 1859 Gennarelli fu incaricato dal Ministro degli Interni Antonio Montanari di raccogliere documenti sul malgoverno papale, incarico che ebbe come esito diverse pubblicazioni. Come accennato, Gennarelli giunse a Firenze il 10 febbraio 1852, città nella quale visse fino alla morte avvenuta nel 1901, occupandosi di attività culturali di varia natura: continuò a svolgere attività giornalistica, fu uno dei fondatori del Museo archeologico, professore di Archeologia generale all’Università di Firenze e di diplomatica a quella di Bologna. Ma, sempre costretto dalla sua incapacità amministrativa tanto che lasciò la moglie (Maria Magrini di Anghiari) e i quattro figli ( Leonida, Platone, Clelia e Cornelia) quasi in uno stato di indigenza, si occupò anche di compravendita di libri, manoscritti e opere d’arte. La sua biblioteca che comprendeva manoscritti, incunaboli e cinquecentine fu dispersa da lui stesso, e pochi volumi sono stati rintracciati. Diamo di seguito l’elenco di alcune sue pubblicazioni: A. Gennarelli, "I pericoli dell’Italia centrale", Firenze 1860; Id., "Processo di morte compiuto dalla Sacra Consulta contro Cesare Locatelli di Roma", Firenze, 1861; Id., "Il Quirinale e i Palazzi Pontifici in Roma: osservazioni storiche e risposte alla nota del cardinale Giacomo Antonelli", Firenze, 1870; Id., "Le raccolte di Lord Ashburnham acquistate dal governo italiano, notizia", Roma, 1885; Id., "La Roma degli italiani e la Roma dei cattolici, osservazioni e risposta alla lettera del signor Duca di Persigny, indirizzata al Presidente del Senato Francese", Firenze, 1865; Id., "Sopra una scultura di Raffaello Sanzio: poche osservazioni", Firenze, 1873; Id., "Discorso di istituzione del Museo Etrusco di Firenze", Firenze, 1871; Id., "Del governo Pontificio surrogato per un decennio da quello d’Austria, rivelazioni storiche", Firenze, 1860; Id., "La villa Pinciana fuori della porta Flaminia e i diritti del popolo romano", Roma, 1885.