Uomo di scienza, collaboratore di Cesare Lombroso che lo citò in un suo scritto, ma anche bibliofilo di gusto, Bergonzoli ebbe vasti interessi, come testimonia la sua ricca biblioteca in cui erano compresi libri e riviste in tedesco, inglese e francese. Nel corso della sua attività scientifica costituì una "ricca e poderosa raccolta di crani e cervelli, classificati per malattia, raccolti sui malati deceduti nell'Istituto" (Nel primo anniversario… 1951), oggi perduta, di cui parlò ad esempio nella monografia Note craniometriche su 26 crani di prostitute (Torino, 1893). Si interessò anche di fotografia. Aveva iniziato a fotografare probabilmente nel 1890 ed era divenuto socio del Circolo fotografico lombardo, di cui facevano parte scienziati e professionisti italiani e stranieri. Si dedicò in particolare alla fotografia medica e alla microfotografia.
Svolse anche attività di insegnamento presso l'ateneo pavese, come libero docente, tenendo i corsi di psichiatria forense (1921-1922) e clinica delle malattie nervose e mentali (1922-1949).
Profondamente legato alla città di Voghera e ai suoi abitanti, si prese carico della direzione dell'Orfanotrofio cittadino per oltre 20 anni.
Infine, nel corso della sua lunga carriera, pubblicò, tra gli altri scritti, Note statistiche e relazione sul manicomio provinciale di Pavia in Voghera nell'anno 1912 (1913); Note statistiche e relazione sull'andamento del Manicomio provinciale di Pavia in Voghera nell'anno 1910: articolo 48 del Regolamento (Pavia, 1911); Dell'uso dell'argento colloidale elettrico nelle malattie mentali (Manicomio provinciale di Pavia in Voghera) (Voghera, 1911).
Bergonzoli diresse lo stabilimento fino al pensionamento, avvenuto nel 1939, e si trasferì quindi con la famiglia nella casa di via XX settembre, sempre a Voghera, dove morì il 7 marzo 1950.
Dopo la morte della prima moglie (8 aprile 1916), si era risposato con un'infermiera, Ada Burani (nata il 16 marzo 1891) che, molto più giovane di lui, gli sopravvisse per 22 anni, fino al 18 agosto 1982.