In base al primo statuto, erano organi dirigenti del partito il Consiglio nazionale, il Comitato centrale, la Direzione e la Segreteria generale. Presso la Segreteria generale esisteva un Ispettorato generale delle squadre di combattimento le quali dipendevano politicamente dal Direttorio di ogni fascio e disciplinarmente dal proprio comandante.
Localmente, in ogni comune esisteva un Fascio di combattimento, a capo del quale era un segretario, coadiuvato da un direttorio del Fascio; tutti i Fasci di una provincia formavano la Federazione provinciale, a capo della quale era il segretario federale, coadiuvato da un Direttorio federale. Anche le federazioni provinciali avevano propria personalità giuridica in quanto vigilate dal PNF. Tutti i segretari federali costituivano il Consiglio nazionale, a capo del quale era il segretario del partito, coadiuvato dal Direttorio nazionale. Al di sopra del segretario del partito non vi era che il duce.
Nel 1923 le squadre fasciste che avevano favorito, con le loro azioni violente verso gli oppositori del regime, il successo del fascismo, vennero trasformate nella Milizia volontaria per la sicurezza nazionale.
Lo statuto del 1923 manteneva l'organizzazione dei Fasci in federazioni provinciali e fissava quali organi dirigenti el partito il Gran consiglio del fascismo (la cui prima riunione ufficiale era stata tenuta il 12 gen. 1923), il Direttorio nazionale e il Consiglio nazionale. Il Gran consiglio, organo supremo presieduto dal duce, doveva fissare le direttive dell'azione del partito. Con la legge 9 dic. 1928, n. 2693, integrata dalla legge 14 dic. 1929, n. 2099, il Gran consiglio fu trasformato in organo dello Stato.
Fino al 1933 si poteva entrare nel partito facendone domanda e col parere favorevole di organi determinati; da quella data in poi vi accedevano soltanto i giovani di 21 anni, dopo essere passati attraverso le organizzazioni giovanili fasciste.
Il rdl 14 dic. 1929, n. 2100 portava modifiche alla legge n. 2693 del 1928 e stabiliva norme per l'ordinamento del PNF. Seguì pertanto un nuovo statuto, approvato con r.d. 20 dic. 1929, n. 2137, in base al quale gli organi del partito erano il Direttorio nazionale, il Consiglio nazionale, i Direttori federali, i Direttori dei fasci di combattimento. Il segretario del partito presiedeva all'attività del Direttorio nazionale e della Segreteria politica, fissava le norme per il funzionamento degli uffici così ripartiti: segreteria politica, segreteria amministrativa, stampa e propaganda, ufficio sindacale, ispezioni e controllo, associazioni dipendenti dal partito, ufficio storico, archivio.
Con un nuovo statuto, approvato con rd 17 nov. 1932, n. 1456, il partito ampliava la sua struttura: aumentavano numericamente i gerarchi e gli organi collegiali (vi entrava a far parte il direttorio del GUF.
Il segretario sceglieva i membri dirigenti del partito (nominati poi con decreto del duce), e da lui dipendevano, oltre alle organizzazioni giovanili, femminili e studentesche del fascismo (Gruppi universitari fascisti - GUF), numerosissimi enti parastatali e associazioni assistenziali, culturali, ricreative come il CONI (Comitato olimpico nazionale italiano) che ebbe riconoscimento giuridico con d.m. 26 nov. 1934, e l'Opera nazionale dopolavoro - OND, che era stata istituita con r.d.l. 10 mag. 1925, n. 582, la Gioventù italiana del littorio - GIL, istituita con r.d.l. 27 ott. 1937, n. 1839 che sopprimeva l'Opera nazionale balilla - ONB, non controllata dal segretario del partito, ma dal Ministero dell'educazione nazionale.
Nel 1932 dipendevano dal partito: i Fasci giovanili di combattimento, le associazioni fasciste (scuola, pubblico impiego, ferrovie dello Stato, postelegrafonici, addetti alle aziende industriali dello Stato). Negli anni successivi l'elenco delle organizzazioni dipendenti dal PNF risultava ulteriormente accresciuto: Unione nazionale ufficiali in congedo, Lega navale italiana, le associazioni degli ex combattenti, dei mutilati e invalidi, dei decorati; il Comitato nazionale forestale, Istituto nazionale di cultura fascista, Associazione nazionale volontari di guerra, Federazione nazionale arditi d'Italia, Associazioni d'arma, Comitato nazionale forestale, Ente radio.
Il segretario del partito con r.d.l. 11 gen. 1937, n. 4, assunse il titolo e le funzioni di ministro segretario di Stato; egli era anche segretario del Gran consiglio del fascismo, faceva parte della Commissione suprema di difesa, del Consiglio nazionale delle corporazioni, del Comitato corporativo centrale, del Comitato permanente del grano, del Consiglio superiore dell'educazione nazionale; era infine segretario del GUF e comandante generale della GIL.
Ulteriori modifiche e ampliamenti furono apportati con r.d. 17 feb. 1941, n. 69, sia in relazione agli enti considerati organizzazioni del partito, sia in relazione a quelli dipendenti dal partito.
Segretari del PNF furono: Michele Bianchi (1921-1922); Nicola Sansanelli (1922-1923); Francesco Giunta (1923-1924); quadrumvirato Roberto Forges Davanzati, Cesare Rossi, Alessandro Merchiori, Giovanni Marinelli (1924-1925); Roberto Farinacci (1925-1926); Augusto Turati (1926-1930); Giovanni Battista Giurati (1931); Achille Starace (1932-1939); Ettore Muti (fino al 30 ottobre 1940, ma reggente dal 6 luglio fu Pietro Capoferri); Adelchi Serena (1941); Aldo Vidussoni (1941-1943); Carlo Scorza (dall'aprile al 25 luglio 1943).
Il 25 luglio 1943 il Gran consiglio dichiarò decaduto Mussolini dalla carica di capo del governo; il 27 luglio il nuovo governo del generale Pietro Badoglio sciolse il PNF e le sue organizzazioni.
Il Partito nazionale fascista fu soppresso con r.d.l. 2 ago. 1943, n. 704. La Costituzione italiana del 1948 ne vietò la ricostituzione.