Dopo i primi entusiasmi, la nascita e lo sviluppo dei seminari procedette con lentezza: non poche fondazioni ebbero vita breve o stentata. Va ricordato che non vi erano obblighi in merito alla frequentazione dei seminari in vista all'ingresso nello stato clericale, per cui da un lato potevano darsi seminari "misti", frequentati anche da coloro che non si stavano preparando al sacerdozio, dall'altro candidati al sacerdozio che non avevano frequentato i seminari ma avevano seguito il più tradizionale percorso di apprendistato. In Francia, per fare fronte all'insufficienza dei seminari, nacquero congregazioni o fraternità sacerdotali volte alla formazione del clero e alla riflessione sulla sua spiritualità (Pierre de Berulle, Vincenzo de' Paoli, Jean-Jacques Olier). Nel 1725 papa Benedetto XIII formò una speciale "Congregazione dei seminari" per promuovere l'applicazione del decreto conciliare.
Nel secolo XVIII le autorità civili vollero occuparsi anche della quantità e della qualità del clero dei loro Stati, emanando leggi specifiche che impedivano la consacrazione di sacerdoti senza formazione, regolamentando il programma di studio e l'andamento disciplinare dei seminari (Giuseppe II d'Austria ne fece costruire quattro centrali e cinque succursali per i suoi domini, sopprimendo gli altri). Anche in Italia l'autorità civile, specie dopo l'Unità, inviò nei seminari visitatori e ispettori. Conseguentemente, i seminari sono stati spesso materia di concordato: in quello con l'Italia del 1929 (art. 39) viene stabilita la dipendenza dei seminari unicamente dalla Santa Sede, «senza alcuna ingerenza delle autorità scolastiche del Regno».
Solo all'inizio del XX secolo (Pio X, enciclica "Pieni l'animo", 1906; Codice di Diritto Canonico, 1917) la permanenza in seminario durante il corso teologico fu resa obbligatoria a tutti coloro che aspiravano al sacerdozio.
Il seminario ha personalità giuridica propria, ed è esente dalla giurisdizione del parroco; l'autorità competente per la direzione è il vescovo, che nomina il rettore. Dipendono dal rettore il vicerettore, i prefetti, i professori, l'economo, il direttore spirituale e i confessori, che sono nominati dal vescovo. Esistono anche seminari sovradiocesani, dove il rettore è nominato dalla Congregazione (della Curia romana) per l'educazione cattolica.