Alcune figure dell'anarchismo storico sono state punto di riferimento culturale e politico per Pier Carlo Masini: Michail Bakunin, Carlo Cafiero, Errico Malatesta e soprattutto Francesco Saverio Merlino e Camillo Berneri. Di Bakunin e Cafiero ammirava la dedizione alla causa, la coerenza e l'intensità emotiva della loro partecipazione agli eventi che li videro protagonisti; di Malatesta apprezzava il pensiero semplice, lineare, da anarchico "ragionante" e "razionale"; di Merlino e Berneri valorizzava la spregiudicatezza teorica, il "revisionismo", la capacità di mettere a confronto e in discussione l'anarchismo con le altre correnti teoriche del movimento operaio e socialista. Non è un caso che fin dal dopoguerra Pier Carlo Masini avesse instaurato un fertile rapporto di scambio epistolare con Aldo Venturini, curatore delle opere di Merlino, e con Giovanna Berneri, moglie di Camillo, e, dopo la scomparsa di Giovanna, con Aurelio Chessa, curatore dell'Archivio Berneri.
Per meglio comprendere la profondità e l'intensità di queste collaborazioni va ricordata la pubblicazione nel 1957, per le edizioni De Silva e La nuova Italia, insieme proprio con Aldo Venturini, del volume "Concezione critica del socialismo libertario" di Merlino o degli scritti scelti di Camillo Berneri, "Pietrogrado 1917 Barcellona 1937", per la Sugar editore nel 1964, curati con Alberto Sorti.
Il rapporto con gli anarchici non fu facile: il giovane Pier Carlo Masini spesso si scontrava con compagni più anziani, spesso isolati ed emarginati dall'egemonia marxista sui movimenti popolari. L'anarchismo del dopoguerra gli appariva povero culturalmente ed organizzativamente, limitato e spesso sopraffatto da diatribe interne. Pier Carlo Masini aveva l'intenzione di contribuire a disincagliarlo dal peso della sua emarginazione, creando una rete di collaborazioni, spesso esterne al movimento, nella speranza che il travaso di culture diverse ma vicine potesse in qualche modo far sbocciare una nuova pianta su una radice antica. L'idea di dare inizio a un processo di rinnovamento all'interno del movimento si concretizzò attraverso il periodico «Gioventù anarchica» (1946-1947), redatto insieme a Carlo Doglio. Il giornale, di cui uscirono 14 numeri, nonostante la sua breve vita, seppe suscitare interessi e collaborazioni anche fuori dal movimento.
Masini prese contatto con aree culturali e politiche fra loro diverse, come quella del Movimento di religione di Ferdinando Tartaglia e Aldo Capitini, o del periodico bergamasco «La Cittadella», o di piccole organizzazioni della "sinistra comunista" e trotzkista. All'interno della Federazione anarchica italiana, si occupò inizialmente della Commissione antimilitarista mentre il suo impegno andò intensificandosi sia come conferenziere sia, dal 1948, come redattore di «Umanità Nova» e collaboratore di «Volontà» (1947-1949). Lo scontro interno alla FAI fra i giovani che si muovevano intorno a Pier Carlo Masini, come Sirio Del Nista, Arrigo Cervetto, Lorenzo Parodi, Aldo Vinazza, Renzo Sbriccoli e molti altri, e le componenti più tradizionali del movimento, maturò fra il congresso di Livorno (23-25 aprile 1949) e quello di Ancona (8-10 dicembre 1950). L'idea di Pier Carlo Masini di un "partito libertario" con una dimensione teorica e pratica dell'anarchismo aderente alla nuova realtà economica, politica e sociale dell'Italia del dopoguerra, capace di stringere alleanze, su posizioni prettamente internazionaliste e legate alle lotte dei lavoratori, con una presenza costante all'interno del sindacato, furono le basi che portano alla nascita del periodico «L'Impulso» e dei "Gruppi anarchici d'azione proletaria" (GAAP).
Ma la maggiore passione di Pier Carlo Masini, in questo periodo come per tutto il resto della sua vita, fu la ricerca storica. L'impegno in tal senso divenne impellente proprio di fronte alle mistificazioni e all'egemonia culturale del PCI. In tutto il periodo in cui ricoprì l'incarico di redattore di «Umanità Nova» (dal 1948 agli inizi del 1950) e collaborò con il «Libertario» (1950/52), non vi fu numero di questi giornali su cui non venisse riportato, oltre a quello di politica, un articolo di storia; si tratta di veri e propri saggi che, a volte, uscirono a puntate, mentre l'entusiasmo per l'analisi dei documenti, di libri e di riviste rare era documentato dalla rubrica firmata con lo pseudonimo «L'Archivista». L'attività di ricerca andò oltre gli ambiti militanti confrontandosi da subito con quella parte della storiografia contemporanea sul movimento operaio che iniziava allora a fare i primi passi. Ecco dunque la collaborazione alla rivista «Movimento operaio» di Gianni Bosio, con cui fra l'altro per circa vent'anni intrattenne una fittissima corrispondenza.
Intanto l'esperienza dei GAAP confluì nel movimento "Azione comunista", una confederazione di piccole organizzazioni (bordighisti, trotzkisti, ex-PCI come Giulio Seniga o Bruno Fortichiari, tra i fondatori del PCd'I nel 1921 ecc.) che ebbe il merito, tra il '56 e il '58, durante e dopo la crisi ungherese, di rappresentare la parte internazionalista e antistalinista della sinistra extraparlamentare italiana. Con Seniga, in particolare, Masini strinse un'amicizia profonda e una collaborazione culturale che negli anni sessanta produsse l'esperienza della casa editrice Azione Comune. Lo scioglimento dei GAAP, l'affermarsi all'interno di "Azione comunista" delle tendenze leniniste e settarie, l'insuccesso organizzativo come forza alternativa al PCI e al PSI (Partito socialista italiano), convinsero Pier Carlo Masini ad allontanarsi, per approdare fra la fine del 1958 e l'inizio del 1959 al PSI. L'entrata all'interno del PSI (gennaio 1959) venne preceduta da due pubblicazioni: "La corrente di 'sinistra' vista da sinistra" e "Una classe un partito", documenti dichiaratamente internazionalisti, classisti e decisamente anticomunisti. In questo denso periodo di partecipazione al dibattito politico Pier Carlo Masini entrò in contatto con la redazione di «Corrispondenza socialista», strinse rapporti di amicizia con Giorgio Galli, Stefano Merli e Gaetano Arfè e incontrò Giuseppe Faravelli, socialista riformista di tradizioni proudhoniane, amico di Andrea Caffi e curatore di "Critica sociale". In questi anni egli si fece carico della ricerca storica per scrivere saggi sulle tradizioni laiche, risorgimentali, libertarie, federaliste e anticlericali del primo socialismo italiano. In questo senso vanno anche letti i suoi interessi ed il suo notevole contributo alla riscoperta di personaggi importanti del movimento operaio italiano come ad esempio Arcangelo Ghisleri. Il ritrovamento dell'archivio di Ghisleri a opera di Pier Carlo Masini ed il suo trasferimento alla Domus Mazziniana di Pisa possono essere considerati un evento culturale importantissimo per lo studio dei movimenti repubblicano, socialista e anarchico a cavallo del secolo. Il suo volume "La scapigliatura democratica. Carteggi di Arcangelo Ghisleri: 1875-1890", pubblicato da Feltrinelli nel 1961, è una significativa chiave di lettura del suo metodo di ricerca storica e dei suoi interessi culturali. Una viva testimonianza dell'emozione dello storico e del militante per il ritrovamento dell'archivio è il ricordo autobiografico dal titolo "La biblioteca Ghisleri", uscito nel volume "Editoria e impegno civile: l'incontro tra Arcangelo Ghisleri e Paolo Gaffuri" (Pierluigi Lubrina editore, Bergamo, 1985).
Ma la ricerca storica non distolse Masini dalla militanza, che anche nelle file socialiste assunse subito i tratti di un impegno critico. Basta leggere i numerosi articoli sia su «Critica Sociale», di cui fu collaboratore per vent'anni, sia sull'«Avanti!», per capire la sua irrequietezza culturale. Al Partito e al gruppo dirigente contestò sempre l'eccessivo opportunismo, il ministerialismo e un certo conformismo. Pur ricoprendo incarichi nel partito - nel PSDI (Partito socialista democratico italiano) fu anche segretario provinciale di Bergamo e membro del Comitato Centrale -, non si candidò mai a cariche pubbliche e motivò queste scelte con la volontà di mantenere una coerenza etica comportamentale, un proprio costante tratto distintivo. In questo periodo continuano le collaborazioni a riviste come «Rivista storica del socialismo» e «Movimento operaio e socialista». Ma uscirono anche i suoi primi lavori monografici: nel 1958 "Gli internazionalisti. La Banda del Matese, 1876-1878"; seguirono a ruota i primi tre volumi degli scritti di Bakunin, e, nel 1963, "La Federazione italiana dell'Associazione internazionale dei lavoratori. Atti ufficiali 1871-1880" (atti congressuali, indirizzi, proclami, manifesti), tutti per le Edizioni Avanti!.
Sul piano storiografico, nell'ambito delle celebrazioni del centenario della nascita della prima Internazionale, rimane negli annali della storiografia la sua comunicazione al convegno di Firenze su "Il movimento operaio e socialista. Bilancio storiografico e problemi storici" del 18-20 gennaio 1963, dal titolo "La prima Internazionale in Italia". In questo contesto va inserito il volume "Storia degli anarchici italiani. Da Bakunin a Malatesta (1862-1892)" (1969), la biografia di "Cafiero" (1974) e la "Storia degli anarchici nell'epoca degli attentati" (1981), pubblicati tutti della casa editrice Rizzoli di Milano.
Masini fu costantemente presente in numerosi convegni a carattere storico, sia militanti che no, come quello organizzato dalla Fondazione Einaudi "Anarchici e anarchia nel mondo contemporaneo" (Torino, dicembre 1969) o quello sul centenario della morte di Bakunin del Centro studi Pinelli di Milano (Venezia, 1976), inizio di una nuova stagione di analisi e riflessioni storiche. Nel 1969 fondò a Bergamo la Biblioteca Max Nettlau, che per anni, in tempi difficili per la ricerca di materiali preziosi, ha rappresentato una tappa fondamentale per chiunque si accingesse allo studio dell'anarchismo. Nel '78 uscirono a Milano "Poeti della rivolta, da Carducci a Lucini" e "Eresia dell'Ottocento. Alle sorgenti laiche, umaniste e libertarie della democrazia italiana". Negli ultimi anni si dedicò a studi su Manzoni, Alfieri e Porta partecipando nel 1993, in qualità di membro del comitato scientifico, al progetto e alla realizzazione della «Rivista storica dell'Anarchismo».
Masini è morto a Firenze il 19 ottobre 1998. Oltre agli scritti già citati si ricordano: "Una raccolta di pubblicazioni rare e non comuni per la storia dell'anarchismo", in "Anarchici e anarchia nel mondo contemporaneo. Atti del convegno promosso dalla Fondazione Luigi Einaudi (Torino 5, 6 e 7 dicembre 1969)", Torino, 1971, pp. 42-46; "Bakunin in Italia. Mezzo secolo di ricerche e di dibattiti" (1876-1926), in "Bakunin cent'anni dopo. Atti del convegno internazionale di studi bakuniniani", Milano, 1977, pp. 14-63; "I leaders del movimento anarchico", Bergamo, 1980; "Storia degli anarchici italiani nell'epoca degli attentati", Milano, 1981; "Il mio paese, la mia valle", in "Indagare la Val di Pesa", a cura di Alberto Ciampi, s.l., 1994.