Sorvegliato dalla polizia politica e attenzionato come “antifascista”, Francovich vede interrompersi l’impegno nella lotta clandestina contro il regime agli inizi del 1942, con l’arresto assieme ai compagni liberalsocialisti e la detenzione nel carcere fiorentino de Le Murate; liberato dopo 5 mesi e sottoposto a provvedimento di ammonizione, torna ad insegnare storia e latino all’Istituto magistrale “Gino Capponi” di Firenze continuando, in parallelo, a coltivare le attività contro la dittatura mussoliniana.
Le idee politiche di Francovich, inscindibili dal nesso tra giustizia e libertà, lo spingono successivamente ad aderire al neonato Partito d’azione, nelle cui file milita durante la Resistenza. Dopo l’8 settembre 1943 organizza, infatti, alcune bande partigiane nei pressi di Mosciano, sulle colline sopra Scandicci, assieme al capitano Roberto Pasi; ricercato dalle SS tedesche sarà, poi, costretto a rifugiarsi nella zona di Castelfiorentino. La Commissione regionale toscana per il riconoscimento della qualifica di partigiano lo riconoscerà “partigiano combattente”, appartenente al Comando G.L. fiorentino, per il periodo 15 ottobre 1943-7 settembre 1944. Su nomina del Comitato toscano di liberazione nazionale diverrà anche commissario del Centro didattico nazionale.
Dopo la Liberazione di Firenze Francovich prosegue la militanza nel Pd’A e, in seguito alla prematura fine politica del partito, aderisce – con Codignola ed altri compagni – a quelle formazioni politiche di un’Italia “di minoranza” che decidono di rappresentare l’eredità rosselliana e azionista in seno al panorama politico italiano dominato dai grandi partiti di massa. Nel 1953 Francovich fa parte di Unità popolare restandovi fino al 1957, quando il Comitato centrale del Movimento vota la confluenza nel Partito socialista italiano, oramai smarcato dall’alleanza frontista: ha inizio, così, la sua lunga militanza nella sinistra lombardiana del PSI.
Carlo Francovich viene ricordato, in modo particolare, per l’impegno di storico, i cui interessi spaziano dallo studio delle società segrete e della massoneria tra Settecento ed Ottocento alla storia del Risorgimento e della Resistenza. Dapprima libero docente in storia del Risorgimento, dal 1959 al 1965 insegna Storia dei paesi afro-asiatici presso l’Università degli Studi di Siena e, dal 1966, Storia del Risorgimento presso la Facoltà di Magistero dell’Ateneo fiorentino. Tra le sue numerose opere si ricordano: Filippo Buonarroti e la società dei Veri Italiani, Firenze, La Nuova Italia, 1951; Idee sociali ed organizzazione operaia nella prima metà dell’Ottocento, Milano, Edizioni Avanti!, 1959; La Resistenza a Firenze, Firenze, La Nuova Italia, 1961 (n.e.: Roma, Edizioni di Storia e Letteratura, 2014, introduzione di S. Neri Serneri); Albori socialisti nel Risorgimento. Contributo allo studio delle società segrete (1776-1835), Firenze, Le Monnier, 1962; Le società segrete in Toscana dalla Massoneria alla Giovane Italia, Firenze, Olschki, 1964; Storia della massoneria in Italia dalle origini alla rivoluzione francese, Firenze, La Nuova Italia, 1975.
Uomo di vasta cultura profondamente legato agli ambienti mitteleuropei, Francovich è anche attivamente impegnato in numerose associazioni culturali, non soltanto fiorentine: collaboratore della rivista «Il Ponte» di Piero Calamandrei, dal 1955 è consigliere della Società Toscana per la Storia del Risorgimento; sarà, poi, membro del Consiglio di amministrazione del Gabinetto Vieusseux e Presidente del Centro Nazionale di Studi Napoleonici dell’Isola d’Elba.
Nel corso della sua vita egli dedica, in particolare, molte energie al mantenimento della memoria della lotta antifascista e della Resistenza mediante la raccolta e la conservazione di fondi archivistici, volumi e periodici presso l’Istituto Storico della Resistenza in Toscana – di cui è Direttore e, infine, Presidente dal 1975 fino alla morte – promuovendone, in particolare, la messa a disposizione agli studiosi ed alle nuove generazioni di studenti e ricercatori. A tali impegni Francovich adempie anche all’interno dell’Istituto Nazionale per la Storia del Movimento di Liberazione in Italia, sia come membro del Comitato direttivo e di varie Commissioni scientifiche che come Segretario generale – dal 1972 al 1980 – e, dal 1980 al 1988, come Vicepresidente (dal 1984 al 1986 assieme a Franco Della Peruta; dal 1986 al 1988 affiancato da Mario Giuseppe Rossi).
Francovich muore a Firenze il 25 dicembre 1990.