Alla fine della guerra, Carretto è chiamato da Gedda a Roma, per organizzare l'Associazione nazionale maestri cattolici. Nel 1946 è, quindi, nominato presidente centrale della GIAC. Negli anni della presidenza della GIAC, diviene un punto di riferimento autorevole nell'Azione cattolica, girando in lungo e in largo la nazione per tenere conferenze, discorsi e comizi. Alla sua iniziativa si debbono anche la fondazione della Gioventù rurale, come specializzazione orizzontale della GIAC, del Centro turistico giovanile, come opera dipendente dell'Azione cattolica, e del Bureau international de la juenesse catholique, di cui diviene prima vice-presidente e poi presidente, come forma di collegamento tra le associazioni giovanili di Azione cattolica di tutto il mondo. Nel 1952, in seguito alla diversità di vedute sulle forme d'apostolato ma anche di impegno politico del mondo cattolico propugnate da Gedda, è indotto a dimettersi dall'incarico, iniziando una laboriosa e sofferta ricerca personale che lo porta alla scelta di entrare nella congregazione religiosa dei Piccoli fratelli di Gesù ispirata al carisma di Charles de Foucauld.
Nel 1954 parte per l'Algeria, dove entra nel noviziato di El Abiodh, conducendo una vita eremitica nel Sahara, all'insegna di una profonda esperienza di vita interiore, nel silenzio e nel lavoro, testimoniata in un volume successivo di straordinario successo: Lettere dal deserto. La stessa esperienza alimenta anche tutta la sua vita successiva, affinata dalle acquisizioni del Concilio Vaticano II, di cui coglie subito la portata. Nel 1965 approda a Spello, per iniziare una nuova Fraternità di preghiera, che si apre all'accoglienza di quanti - credenti e non - desiderano trascorrere un periodo di riflessione e di ricerca, vissuto nella preghiera, nel lavoro manuale e nello scambio di esperienze. Al convento in cui la Fraternità risiede, si aggiungono diverse case di campagna sparse sul monte Subasio, che sono trasformate in eremitaggi, per accogliere il numero crescente soprattutto di giovani che negli anni del post-concilio cercano un'esperienza forte di vita spirituale.
Carretto si inserisce, con interventi e prese di posizione, nei fermenti che animano la Chiesa italiana negli anni del post-concilio.
Durante questa stagione, Carretto continua la sua attività di scrittore, iniziata negli anni giovanili in Azione cattolica, quando ha dato alle stampe, tra le altre fatiche editoriali, Incontro al domani (1943), La grande chiamata (1947), Verrai anche tu (1948) e soprattutto Famiglia, piccola Chiesa (1949), tutti pubblicati dall'AVE. Tra i volumi che escono, incontrando le attese di milioni di lettori di tutto il mondo per le diverse traduzioni promosse, si segnalano: Il deserto nella città (1978), L'utopia che ha il potere di salvarti (1979), Beata tu che hai creduto (1980), Ho cercato e ho trovato (1983), Perché Signore? (1985), Un cammino senza fine (1986), E Dio vide che era cosa buona (1988). Carretto muore nel suo eremo di San Girolamo, a Spello, il 4 ottobre 1988, festa di san Francesco d'Assisi, del quale è stato appassionato biografo.