Nel XVIII sec. la gestione dei due feudi fu oggetto di lunghe controversie tra le università di Rutigliano e Sannicandro e il capitolo della basilica, particolarmente nell'amministrazione della giustizia civile e criminale che la chiesa gestiva attraverso le sue corti baronali con numerose interferenze da parte dei "padroni dei tre casi criminali", ossia di feudatari o rappresentanti regi detentori della giurisdizione criminale che prevedeva come pena la morte, la rescissione delle membra e l'esilio. Le controversie si risolsero nel 1738 con l'acquisto da parte della basilica di tale giurisdizione criminale insieme alla portolania di Rutigliano (Archivio della Basilica di S. Nicola di Bari, Fondo cartaceo. Archivio capitolare: Rutigliano, fascc. 147 (1738) e 155 (1757-1777); cfr. "L'archivio" cit., pp. XIV e 244). Altra fonte di contese erano i conflitti di competenza nell'esazione delle contribuzioni fiscali derivanti dalle notevoli ingerenze da parte del regio Fisco nei rapporti tra la basilica e le università di Rutigliano e Sannicandro; queste si fecero promotrici, prima davanti alla Camera della sommaria e alla Curia del Cappellano maggiore (1714-1805), successivamente davanti alla Commissione feudale (1806-1809), di una lunga causa contro il capitolo per esigere il pagamento di contributi non dovuti per l'esenzione di cui la chiesa godeva sin dal tempo dei re angioini (Archivio della Basilica di S. Nicola di Bari, Fondo cartaceo. Archivio capitolare: Rutigliano, fascc. 139 (1714-1805) e 176 (1806-1809); cfr. "L'archivio" cit., pp. XIV-XV n. 29, pp. 243 e 246). Abolita la feudalità con legge del Regno di Napoli 2 agosto 1806 n. 130, la terra di Rutigliano fu assoggettata direttamente al regio demanio, ma fino alla fine del XIX sec. la basilica continuò a possedere e ad amministrare autonomamente alcuni beni feudali situati nel territorio dell'università, avendo ottenuto, con reale rescritto del 15 settembre 1818, la facoltà di gestirsi secondo gli antichi statuti. A seguito degli attriti sorti tra l'arcivescovo di Bari e il priore di S. Nicola sull'esenzione della basilica dalla giurisdizione dell'ordinario diocesano, tutti i beni e le rendite della chiesa furono posti sotto sequestro e amministrati direttamente dal regio commissario straordinario Raffaele Lombardi (decreto del ministero di Grazia e giustizia e dei culti del 19 maggio 1890: "L'archivio" cit., p. XXI). Nel 1893 la "regia delegazione per l'amministrazione civile delle reali basiliche palatine pugliesi" subentrò al commissario straordinario nella gestione del patrimonio della chiesa, provvedendo alla vendita di gran parte dei beni immobili appartenenti alla basilica ("L'archivio" cit., pp. XXII-XXIII).
Nel frattempo il comune di Rutigliano era stato coinvolto dal nuovo indirizzo amministrativo sancito dalla legge 8 agosto 1806 n. 132, che suddivise il Regno di Napoli in province, distretti e comuni. La definizione del numero e della circoscrizione amministrativa dei singoli comuni fu stabilita con decreto del Regno di Napoli 4 maggio 1811 n. 922, nel quale Rutigliano risultava capoluogo dell'omonimo circondario, comprendente anche la frazione di Noja, ed era incluso nel distretto di Bari all'interno della provincia di Terra di Bari. Nel successivo decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 Rutigliano era ancora annoverato come capoluogo dell'omonimo circondario e con la stessa circoscrizione amministrativa risultante dal precedente decreto; poiché il comune contava allora una popolazione di 4609 abitanti era classificato tra i comuni di seconda classe, ossia quelli con una popolazione compresa fra i 3000 e i 6000 abitanti. In qualità di capoluogo di circondario, presso il Comune avevano sede l'ufficio del Giudice regio e le carceri circondariali. Ai sensi della legge 8 agosto 1806 n. 132, l'operato degli organi amministrativi di Rutigliano era sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Bari sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più limitati, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Bari.
In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa poi a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il Comune di Rutigliano fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditò le competenze esercitate dal Consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il Comune furono ripristinati gli organi del sindaco e della Giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Bari; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il Consiglio comunale e si ristabilì il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926.
Secondo il disposto della legge 8 giugno 1990 n. 142, il Comune di Rutigliano ha sancito la propria autonomia regolamentare dotandosi di uno statuto, approvato con delibera del Consiglio comunale n. 77 del 5 ottobre 1991 e pubblicato nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 234 suppl. del 20 dicembre 1991; le modifiche allo statuto sono state approvate con delibera del Consiglio comunale n. 51 del 29 giugno 1995 e pubblicate nel Bollettino ufficiale della Regione Puglia n. 114 del 25 ottobre 1995. In seguito all'emanazione della legge 25 marzo 1993 n. 81, il sindaco di Rutigliano è eletto direttamente dai cittadini e nomina i membri della Giunta municipale. Nello stesso anno la popolazione residente nel comune ammontava a 15.000 abitanti.
Rutigliano è attualmente sede di Pretura e rientra nel circondario del Tribunale di Bari.