Esentata nel 1313 dal pagamento dei pesi camerali e, nel 1371, concessa in dono, da Gregorio XI, assieme a Bevagna, a Trincia Trinci, Limigiano, che era passata nel frattempo sotto la dominazione di Perugia, sembra non perdere i vantaggi acquisiti, al termine delle contese intercorse tra questa città e gli stessi Trinci, nel quadro della più generale e non di rado contrastata vicenda del rientro del papato da Avignone a Roma.
Conclusesi le ostilità con la stipula della pace tra la città umbra ed Urbano VI tra il 1378 e il 1379, Limigiano, come i circostanti castelli, ottenne, in cambio della sottomissione ai perugini per i successivi venti anni, che fossero conservati lo stesso tipo di amministrazione e governo con giurisdizione libera nelle cause di prima istanza, col vincolo che i giusdicenti fossero perugini ed a patto che, passati venti anni, il castello dovesse ricadere sotto il dominio diretto della Chiesa.
Di nuovo, nel 1389, Limigiano si pose sotto la protezione di Ugolino IX Trinci, richiesto come podestà e signore; anche successivamente il castello dipese in maniera sempre più stretta dai Trinci che dal 1414 al 1424 vi nominarono governatori e podestà. La caduta dei signori folignati nel 1439, riportò Limigiano sotto il diretto dominio della Chiesa.
Nel 1482 il castello si dotò di uno statuto. Tornato alle dipendenze dirette del papa sino al 1530, in tale anno venne concesso a Malatesta Baglioni assieme alla vicina Castelbuono. Nel 1538 soffrì le ruberie ed i saccheggi delle truppe di Pierluigi Farnese che, inviate dal pontefice Paolo III alla conquista di Camerino, si erano accampate nelle vicinanze, ottenendo tuttavia, nel successivo 1539, agevolazioni fiscali per cinque anni a seguito dei danni subiti.
Dal punto di vista amministrativo al podestà, normalmente un notaio, massimo giusdicente del castello, eletto ogni sei mesi e con uno stipendio di 15 fiorini d’oro, competeva la giurisdizione (civile e criminale e danni dati) nonché la maggior parte degli atti amministrativi come la convocazione del Consiglio o Arengo (presumibilmente per capita domorum) e la gestione contabile delle entrate ed uscite della comunità. Il podestà aveva anche funzioni di polizia potendo elevare direttamente contravvenzioni (le inventiones potestatis). In particolare l’amministrazione del castello era composta dai seguenti funzionari che affiancavano il Consilium boni status: un sindicus, un camerarius, sei massarii, due catastarii, due viarii, due preposti causarum sanguinis, quattro preposti alla custodia del danno dato, dieci homines super venditionum et fortificariones loci, undici supersrites ad actandum et fortificandum locum.
Non molte sono le notizie dopo l’assestarsi politico amministrativo dello Stato pontificio a seguito della riforma di Sisto V e sino alla Restaurazione post napoleonica.
Con il nuovo assetto territoriale stabilito dal cardinale Consalvi nel 1816, Limigiano, assieme a Castelbuono, divenne appodiato di Bevagna e tale restò sino all'Unità d’Italia quando diventò frazione della stessa Bevagna.

(tratto dall'inventario)