Agli inizi del Seicento, per bonificare la zona acquitrinosa che si estendeva tutto attorno a Stienta, viene costruito il cosiddetto Canale di Zelo, che ha permesso la diffusione su larga scala del granoturco allora appena importato dall'America, riducendo così le coltivazioni del farro e del riso che da secoli si tramandavano. La bonifica totale delle terre si completa alla fine dell'Ottocento, con la costruzione del Grande Scolo Consorziale, chiamato "Sculon".
Nel repertorio generale del 1769 delle ville e comuni di tutte le province della terraferma, formato sulla documentazione dei "Deputati e aggiunti alla provvision del denaro pubblico", Stienta non è riportata in quanto comunità ancora soggetta allo Stato Pontificio. La pace di Tolentino, stipulata nel 1797 tra Napoleone e il papa, determina il passaggio del territorio della Transpadana, e quindi anche di Stienta, nella Repubblica francese. Con la legge della Consulta legislativa del 23 fiorile anno IX repubblicano, che divide la Repubblica italiana in 12 dipartimenti e questi in distretti, il paese è compreso come Comune, con la denominazione di Stienta, nel Dipartimento X del Basso Po, con capoluogo Ferrara, Distretto I di Ferrara. Il decreto dell' 8.6.1805 n. 46 sull'amministrazione pubblica e sul comparto territoriale del Regno riporta Stienta nel Dipartimento del Basso Po, Distretto I di Ferrara, Cantone IV di Fiesso. Dopo la definitiva sconfitta di Napoleone e il passaggio alla dominazione austriaca, con la sovrana patente del 7 aprile 1815 che istituisce il Regno del Lombardo Veneto, il paese, con le frazioni di San Genesio e Bonello, è assegnato alla Provincia del Polesine, Distretto V di Occhiobello. Il nuovo compartimento territoriale delle province venete, pubblicato con dispaccio 40.285/3. 94 del 2 novembre 1845 e la successiva sovrana risoluzione del 28 gennaio 1853 che definisce il compartimento territoriale delle province venete, attivato col 1 luglio 1853, riportano Stienta, con la frazione di San Genesio, nella provincia di Rovigo, distretto VI di Occhiobello. Tale stato di cose non viene mutato dalla normativa degli anni seguenti, fino alla fine della dominazione austriaca. I territori veneti vengono poi annessi al Regno d'Italia ed il Comune entra a far parte della provincia di Rovigo, con il Regio decreto del 13 ottobre 1866 n. 3282 col quale è pubblicata e messa in vigore nelle province di Venezia e di Mantova la legge elettorale politica del Regno del 17 dicembre 1860 n. 4513.
L'alluvione del Polesine del 1951 sommerge il paese sotto sei metri d'acqua.
Negli anni Ottanta del Novecento Stienta conosce un notevole sviluppo urbanistico ed economico, con la realizzazione dell'area artigianale e con una costante evoluzione di insediamenti industriali ed espansione del centro abitato.