Nel 1600 esso fu acquistato dal marchese di Cervinara Marcantonio Caracciolo, passando nel 1653 a Francesco II Caracciolo duca di Martina; a tale casato appartenne fino all'abolizione della feudalità disposta con la legge del Regno di Napoli 2 agosto 1806 n. 130.
A partire dalla metà del sec. XVIII iniziò un'aspra vertenza tra Mottola e Martina Franca per i diritti sul bosco "I Palmi" situato tra le due università; la contesa culminò nel 1799 con l'irruzione nella "casa comunale" mottolese, costruita nel 1738 per garantire una sede stabile all'attività amministrativa e deliberativa, da parte di quattrocento martinesi che distrussero ogni documentazione rinvenuta al fine di rimuovere le prove sulla proprietà del bosco.
Negli ultimi anni del sec. XVIII l'università di Mottola era definita "città vescovile suffraganea di Taranto [...] nella provincia di Otranto" (L. Giustiniani, "Dizionario geografico-ragionato del Regno di Napoli" [Napoli, Vincenzo Manfredi, poi Stamperia di Giovanni de Bonis, 1797-1816], rist. anast. Bologna, Forni, 1969-1971, vol. VI, pp. 174-176).
La legge 8 agosto 1806 n. 132, emanata da Giuseppe Napoleone, sancì la divisione amministrativa del Regno di Napoli in tredici province ripartite in distretti, nell'ambito dei quali furono suddivise le università. La legge definiva contestualmente le competenze istituzionali del nascente comune, termine introdotto nella normativa ancora in alternanza con la denominazione "università": il nuovo ente fu concepito come il punto terminale di una struttura amministrativa gerarchica e centralizzata, sottoposto al controllo degli intendenti provinciali, dipendenti a loro volta dal ministro dell'Interno. L'amministrazione del Comune di Mottola fu affidata a un sindaco titolare del potere esecutivo, a un "primo eletto" responsabile della polizia amministrativa, a un "secondo eletto" che assisteva il sindaco nelle sue funzioni, e al decurionato, organo in cui risiedeva la rappresentanza comunale e che era incaricato della nomina del sindaco, degli eletti e di ogni agente o impiegato municipale.
Il decreto 4 maggio 1811 n. 922, disposto da Giuseppe Napoleone per fissare la nuova circoscrizione delle province del Regno, incluse il Comune di Mottola nel circondario di Palagiano, distretto di Taranto, all'interno della provincia di Terra d'Otranto.
Con il successivo decreto del Regno delle due Sicilie 1 maggio 1816 n. 360 il comune, che contava allora 2436 abitanti, fu elevato a capoluogo di circondario sempre all'interno del distretto di Taranto. La riforma delle magistrature e degli organi di governo avviata dalla legge 8 agosto 1806 n. 132 fu sostanzialmente riconfermata dopo la restaurazione borbonica con la legge del Regno delle due Sicilie 12 dicembre 1816 n. 570. L'operato degli organi amministrativi del Comune di Mottola era sottoposto allo stretto controllo dell'intendente della provincia di Terra d'Otranto sotto gli ordini del ministro dell'Interno; con poteri più circoscritti, l'attività di vigilanza era esercitata anche dal sottointendente del distretto di Taranto. Nel 1818, a seguito della stesura del Concordato di Terracina tra i Borboni e papa Pio VII, fu soppressa l'antica cattedra vescovile di Mottola, istituita nell'XI sec., e la diocesi fu aggregata a quella di Castellaneta. La legge comunale e provinciale 20 marzo 1865 n. 2248 all. A ripartì il Regno d'Italia in province, circondari (già distretti), mandamenti (già circondari) e comuni, e il distretto di Taranto divenne circondario; presso ogni comune furono istituiti, quali organi rappresentativi e deliberativi sostitutivi del decurionato, un Consiglio comunale e una Giunta municipale, che affiancarono il sindaco nell'amministrazione cittadina. La nomina dei consiglieri comunali avveniva tramite il sistema elettivo, mentre gli assessori erano eletti in seno al consiglio comunale. Il sindaco era scelto tra i consiglieri e la sua nomina avveniva per decreto reale; dopo l'approvazione del regio decreto 4 maggio 1898 n. 164, la sua elezione fu demandata al consiglio comunale. La vigilanza sull'operato degli organi del Comune di Mottola fu demandata al sottoprefetto del circondario di Taranto sotto la direzione del prefetto della provincia di Terra d'Otranto, a sua volta dipendente dal ministro dell'Interno. Con decreto del Regno d'Italia 2 settembre 1923 n. 1911 fu istituita la Provincia di Taranto cui furono annessi tutti i comuni fino ad allora inclusi nell'omonimo circondario, tra i quali il comune di Mottola. In seguito all'adozione dell'ordinamento comunale fascista disposta, per i comuni con popolazione fino a 5000 abitanti, con legge 4 febbraio 1926 n. 237, estesa a tutti i comuni con legge 3 settembre 1926 n. 1910, il Comune di Mottola fu amministrato da un podestà di nomina regia che ereditava le competenze esercitate dal consiglio, dalla giunta e dal sindaco. Con la caduta del fascismo e l'emanazione del regio decreto legge 4 aprile 1944 n. 111, presso il Comune di Mottola furono ripristinati gli organi del sindaco e della Giunta riservandone la nomina al prefetto della provincia di Taranto; ai sensi del decreto legislativo luogotenenziale 7 gennaio 1946 n. 1 si insediò anche il consiglio comunale e fu ristabilito il sistema elettivo e di nomina dei tre organi vigente prima del 1926. Nel 1991 la popolazione residente nel Comune di Mottola ammontava a 16795 abitanti (censimento 1991).