Al sec. XIII, dopo la nascita del comune, risalgono i rapporti con Sarnano.
Nel 1268 il Vescovo di Camerino Guido concede ai monaci di costruire un oratorio dentro Sarnano e nel frattempo di celebrare la messa in una casa privata su un altare portatile. Da qui ha origine la chiesa di S. Maria di piazza alta, per la costruzione della quale ci fu una lunga trattativa con la Comunità.
L'abbazia era diretta dall'Abate e comprendeva oltre ai religiosi, i conversi, ossia dei monaci addetti ai lavori manuali. Vi erano poi gli oblati, dei laici che venivano offerti fin da piccoli al monastero, che svolgevano la funzione di domestici e familiari soggetti all'abate, e comunque membri di diritto del monastero. Fattori e agenti erano spesso conversi che si occupavano degli affari del monastero.
Le decisioni circa l'amministrazione del monastero venivano prese collettivamente nel Capitolo, che deliberava a maggioranza, o con l'approvazione della "parte più sana". I capitoli venivano convocati al suono di una campana interna, che chiamava gli aventi diritto, ossia l'abate e i monaci. Le decisioni più importanti venivano votate con il bussolo. Nel 1392 l'abate Giovanni Ricci trasferisce una parte dei monaci a Sarnano e costruisce la torre campanaria di S. Maria di piazza. Dopo l'abbaziato di Giovanni, la Santa Sede comincia ad imporre gli abati, fino a quando si passa all'assegnazione commendataria di tale incarico, spesso affidato a laici lontani dall'abbazia, che senza vederla si appropriavano dei suoi beni, decretandone la decadenza.
Papa Sisto V, originario di Montalto Marche, nel 1585 elevò al grado di collegiata la chiesa di "S. Maria ad collem" e le assegnò 12 canonici. L'anno seguente insignì Montalto dei titolo di città e la fece sede di diocesi. Per provvedere al mantenimento della canonica di Montalto le assegnò i beni dell'abbazia di Piobbico, estromettendo l'ultimo abate commendatario Guglielmo Bastoni.
Nel 1586 Sisto V stabilisce che le funzioni di parroci dell'abbazia e di S. Maria di piazza venissero svolte da 2 vicari perpetui alle dipendenze dei canonici.
La chiesa dell'abbazia cambia denominazione assumendo la dedicazione a San Biagio, tale nome risulta registrato dal 1471, inizialmente usato insieme a S. Maria e poi da solo. Il cambiamento è probabilmente dovuto ad una particolare devozione sviluppatasi verso questo santo, del quale una statua è presente nella chiesa. Risultano inoltre anche dei ceri offerti a Santa Maria di Piobbico per la festa di S. Biagio protettore.
L'affidamento alla Canonica di Montalto dura fino al XX sec.