Nel XIII secolo Bedero faceva parte della castellanza di Valtravaglia, dominio dell'arcivescovo di Milano, e aveva 15 fuochi nel 1283. Secondo le risposte ai 45 quesiti della II giunta del censimento, del 1751, Bedero, che faceva parte della pieve di Valtravaglia, era infeudato al marchese Cosmo Cesare Morigia (Moriggia) e pagava annualmente al feudatario 80 lire e 12 soldi. Il giudice feudale, Carlo Luino, non risiedeva in paese e percepiva ogni anno una lira e 10 soldi. Il console della comunità non prestava alcun giuramento. Bedero, in cui vivevano 386 anime, tra collettabili e non collettabili, non aveva altri comuni sotto di sé, né era soggetto ad alcun altro comune; inoltre non pretendeva di essere indipendente dalla provincia nella quale restava naturalmente collocato. Non si trovava nel comune alcun consiglio generale, ma un consiglio particolare, composto da otto deputati scelti da un numero di 32, di cui 16 ricavati dai primi estimati e 16 dai minori estimati. Dai suddetti otto deputati estratti a sorte si estraeva ugualmente a sorte un sindaco, che aveva il particolare compito di vigilare sopra l'amministrazione degli affari pubblici. Al sindaco e al cancelliere spettava fare la suddivisione dei carichi fiscali. Il cancelliere risiedeva in paese e teneva presso di sé le scritture in una cassetta provvista di due chiavi diverse, una delle quali si trovava presso il sindaco e l'altra presso lo stesso cancelliere, il cui emolumento consisteva in 14 lire annue. Bedero non disponeva di un procuratore o agente in Milano.
Nel compartimento territoriale dello stato di Milano del 1757 al comune di Bedero risultava aggregato il comune di Brezzo. La denominazione di Bedero con Brezzo rimase anche nel compartimento territoriale del 1786, con il quale la Lombardia austriaca veniva divisa in otto province. Bedero venne a far parte della provincia di Gallarate, pieve di Valtravaglia, che divenne provincia di Varese nel 1787 e che venne successivamente inglobata nella provincia di Milano.
Con la legge 6 germinale anno VI b sulla ripartizione del dipartimento del Verbano, Bedero con Brezzo venne inserito nel nuovo dipartimento, come comune del distretto 6 della Malgorabbia, con capoluogo Luino. Soppresso il dipartimento del Verbano, con la successiva legge 26 settembre 1798 di ripartizione territoriale dei dipartimenti d'Olona, Alto Po, Serio e Mincio, Bedero entrò a far parte del distretto XVI di Luino del dipartimento dell'Olona. Nel compartimento territoriale del 1801 il comune fu collocato nel distretto II di Varese del dipartimento del Lario. Nel 1805, un nuovo compartimento territoriale inserì Bedero con Brezzo nel cantone VIII di Luvino (Luino) del distretto II, Varese del dipartimento del Lario. Il comune aveva 576 abitanti. A seguito dell'aggregazione dei comuni del dipartimento del Lario, in accordo con il piano previsto già nel 1807 e parzialmente rivisto nel biennio successivo, il comune denominativo di Bedero, con i comuni aggregati di Bedero ed uniti e Muceno ed uniti, e con 849 abitanti complessivi, figurava nel cantone V di Luvino del distretto II di Varese, e come tale, comune di III classe, fu confermato con il successivo compartimento territoriale del dipartimento del Lario.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il comune di Bedero con Brezzo fu inserito nel distretto XXI di Luvino. Bedero con Brezzo, comune con convocato, fu confermato nel distretto XXI di Luvino in forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde. Nel 1853, Bedero Brezzo, comune con convocato generale e con una popolazione di 726 abitanti, fu inserito nel distretto XXI di Luvino.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Brezzo di Bedero con 741 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento V di Luvino, circondario II di Varese, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 792 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia. Popolazione residente nel comune: abitanti 730 (Censimento 1871); abitanti 813 (Censimento 1881); abitanti 809 (Censimento 1901); abitanti 751 (Censimento 1911); abitanti 764 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Varese della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1927 il comune venne aggregato alla provincia di Varese. Nel 1928 il comune di Brezzo di Bedero venne aggregato al comune di Luino.
Nel 1953 venne ricostituito il comune autonomo di Brezzo di Bedero disaggregandone il territorio dal comune di Luino. In base alla legge sull'ordinamento comunale vigente il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 683 (Censimento 1961); abitanti 716 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Brezzo di Bedero aveva una superficie di ettari 822.