A seguito della suddivisione del territorio in dipartimenti, prevista dalla costituzione della Repubblica Cisalpina dell'8 luglio 1797, con legge del 27 marzozo 1798 il comune di Pognana con Quarzano e Canzaga venne inserito nel Dipartimento del Lario, Distretto di Laglio. Con successiva legge del 26 settembre 1798 il comune venne trasportato nel Dipartimento dell'Olona, Distretto XXIII di Argegno. Nel gennaio del 1799 contava 400 abitanti. Secondo quanto disposto dalla legge 13 maggio 1801, il comune, inserito nel Distretto primo di Como, tornò a far parte del ricostituito Dipartimento del Lario. Con la riorganizzazione del dipartimento, avviata a seguito della legge di riordino delle autorità amministrative e resa definitivamente esecutiva durante il Regno d'Italia, Pognana venne in un primo tempo inserito nel Distretto III ex comasco di Bellagio, classificato comune di III classe, e successivamente collocato nel Distretto III di Menaggio, Cantone II di Bellagio. Il comune nel 1805 contava 405 abitanti. Il successivo intervento di concentrazione disposto per i comuni di II e III classe, vide Pognana ed uniti allargare i propri confini territoriali con l'aggregazione dei comuni di Palanzo e Lemna. Inserito nel Distretto III di Menaggio, Cantone II di Bellagio, dopo l'unione il comune di Pognana contava 996 abitanti. Tale aggregazione venne confermata con la successiva compartimentazione del 1812.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Como, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, il comune di Pognana con Quarzano e Canzaga venne inserito nel distretto III di Bellagio. Il comune, dotato di convocato, fu confermato nel distretto III di Bellagio in forza del successivo compartimento delle province lombarde. Col compartimento territoriale della Lombardia, il comune di Pognana, che comprendeva le frazioni di Canzaga e Quarzano, venne inserito nel distretto III di Bellagio. La popolazione era costituita da 425 abitanti.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Pognana Lario con 471 abitanti, retto da un consiglio di quindici membri e da una giunta di due membri, fu incluso nel mandamento II di Como, circondario I di Como, provincia di Como. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 487 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 572 (Censimento 1871); abitanti 660 (Censimento 1881); abitanti 825 (Censimento 1901); abitanti 930 (Censimento 1911); abitanti 933 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Como della provincia di Como. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Popolazione residente nel comune: abitanti 930 (Censimento 1931); abitanti 913 (Censimento 1936). Sino al 1938 il comune mantenne la denominazione di Pognana e successivamente a tale data assunse la denominazione di Pognana Lario. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Pognana Lario veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 932 (Censimento 1951); abitanti 972 (Censimento 1961); abitanti 928 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Pognana Lario aveva una superficie di ettari 499.

Nota
Questa scheda riprende fedelmente il contenuto dei profili istituzionali già pubblicati a stampa nel repertorio "Le istituzioni storiche del territorio lombardo. XIV-XIX secolo" (volume relativo all'attuale provincia di Como: Progetto CIVITA, Regione Lombardia - Amministrazione provinciale di Como, Milano 2000, repertoriazione a cura di Domenico Quartieri con la collaborazione di Loredana Menichetti; e volumi relativi alle istituzioni postunitarie: Progetto CIVITA, Regione Lombardia, Milano 2001, repertoriazione a cura di Fulvio Calia, Caterina Antonioni, Simona Tarozzi), ora consultabili nella sezione "Istituzioni Storiche" del portale regionale dei beni culturali della Lombardia (si veda più in basso il collegamento puntuale, e dalla bibliografia il link alla versione .pdf della pubblicazione a stampa).