La cancelleria di Livorno, al contrario del capitanato, non subì mutamenti territoriali rimanendo sempre competente sul territorio comunale di Livorno coincidente con quello del capitanato vecchio.
A seguito delle riforme leopoldine, nel 1780 la comunità di Livorno venne aggregata alla provincia pisana (isituita nel 1776) e la cancelleria di Livorno passò sotto il controllo dell'Ufficio dei fiumi e dei fossi di Pisa.
Durante il dominio francese Livorno fu sede della Prefettura del Dipartimento del Mediterraneo, comprendente la sottoprefettura del capoluogo, quella di Pisa, di Volterra e dal 1811 anche la sottoprefettura di Portoferraio. Il circondario della sottoprefettura di Livorno comprendeva le comunità, poi mairies di Livorno, Pontedera, Ponsacco, Peccioli, Laiatico, Palaia, Lari, Chianni, Fauglia, Orciano, Lorenzana, Castellina Marittima, Rosignano, San Miniato, Montopoli, Castel Fiorentino e Certaldo. Con deliberazione della Giunta del governo provvisorio della Toscana del 1° dicembre 1808, furono istituite le mairies di Calcinaia, Capannoli, Santa Luce, Terriciola, i cui territori furono scorporati rispettivamente da quelli delle mairies di Pontedera, Palaia, Lari, Peccioli. Successivamente, con deliberazione del 16 dicembre 1808, fu istituta la mairie di Collesalvetti scorporata dal territorio di Fauglia.
L'amministrazione comunale dell'ente fu rimodellata alla stregua dell'ordinamento francese: alla mairie venne preposto un maire, che assieme a quattro "aggiunti" formava la giunta municipale; venne istituito il consiglio municipale composto di ventuno membri.
Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia il tribunale di prima istanza e il tribunale di commercio avevano competenza su tutto il territorio del circondario mentre sul territorio comunale di Livorno vennero istituite quattro giudicature di pace.
Nel 1780 venne istituita la nuova Comunità di Livorno il cui governo , eletto per sorteggio fra i possidenti locali, era costituito dal Magistrato composto da un Gonfaloniere e da alcuni priori ed in carica per un anno. Il Magistrato, affiancato da un consigliere per ciascun popolo della comunità, andava a formare il Consiglio Generale. Il vecchio sistema fiscale venne riformato e razionalizzato: tutte le imposizioni vennero abolite ed al loro posto venne istituita la "tassa di redenzione". Si trattava di un'unica tassa annuale fissa assegnata a ciascuna da versarsi in tre rate alla Cassa della Camera delle Comunità. Se non fosse riuscita a pagare la tassa di redenzione, la comunità era autorizzata a distribuire un'imposta sui possidenti, chiamata "dazio". Di tutte le questioni finanziarie si occupava un camarlingo o depositario, estratto dalle borse approntate per il magistrato ed in carica da uno ad un massimo di tre anni consecutivi. Un altro importante ufficio, da porsi all'incanto, era quello di "provveditore di strade e fabbriche" di durata triennale. La Comunità venne soppressa nel 1808 con l'annessione della Toscana all'Impero francese.
Nonostante le mairies fossero state soppresse il 17 giugno 1814, le istituzioni comunitative precedenti l'occupazione francese ripresero a funzionare solo nel settembre del 1816. Gli uffici restaurati trassero comunque esperienza dalla passata amministrazione, sia riguardo all'accentramento del governo comunitativo, che in materia di previsione finanziaria. All'interno del Magistrato si verificò infatti un forte rafforzamento del potere del Gonfaloniere, nominato da sovrano all'interno di una rosa di nomi scrutinati, su consiglio del Soprintendente della Camera di Sovrintendenza Comunitativa, e in carica per tre anni. Al Gonfaloniere vennero attribuite funzioni di controllo su di un ampio ventaglio di affari comunitativi, che andavano dall'amministrazione del fisco, dall'ordine pubblico all'assetto del territorio. Al Magistrato spettavano l'elezione del camarlingo, in carica per tre anni, e l'approvazione del bilancio di previsione e dei conti consuntivi. Il Consiglio, in carica per un anno, si riuniva di regola una sola volta, nel mese di settembre, assieme al Magistrato per eleggere i deputati incaricati della ripartizione della tassa di famiglia e gli impiegati della comunità e per deliberare sull'eventuale apertura di nuove strade.
Un nuovo regolamento comunale fu emanato nel 1849, successivamente alla fuga a Gaeta del Granduca e all'instaurazione di un governo provvisorio. Tale regolamento introduceva nella legislazione comunale elementi maggiormente progressisti: era previsto che i componenti del Consiglio generale fossero eletti dai maggiori contribuenti della Comunità: i Consiglieri, a loro volta, avrebbero poi eletto i membri del Magistrato comunitativo, con la proporzione di un priore ogni quattro consiglieri. I cambiamenti non riguardarono, tuttavia, soltanto i criteri di selezione degli incaricati della gestione della cosa pubblica. Anche le competenze degli organi furono radicalmente trasformate: rovesciando la precedente gerarchia fra i due organi, al Magistrato veniva ora affidata la sola esecuzione delle deliberazioni del Consiglio generale, al quale erano riconosciute maggiori competenze rispetto al regolamento del 1816. Il ritorno del Granduca avrebbe portato, nel 1853, alla soppressione di questo regolamento, sostituito con un nuovo corpo normativo molto più restrittivo, che ben rifletteva il clima della seconda restaurazione conosciuta dal Granducato di Toscana. Soltanto nel 1859, dopo la definitiva fuga del Granduca, il nuovo governo provvisorio avrebbe emanato un nuovo regolamento, molto simile a quello del 1849, destinato a restare in vigore fino all'elaborazione delle leggi amministrative del Regno d'Italia nel 1865, fra cui figurava la prima legge comunale e provinciale dello Stato unitario del 20 marzo 1865 che soppresse definitivamente le comunità.
Il moderno comune di Livorno, nato con l'unificazione della penisola italiana, divenne capoluogo della provincia omonima creata nel 1863 (Livorno e i comuni elbani) e integrata nel 1925 nell'attuale sua estensione.