Con la caduta del regime aristocratico, nel giugno 1797, anche l'amministrazione della città di Genova, fino allora esercitata dai Padri del Comune e da altre magistrature centrali della Repubblica, subì una profonda trasformazione. Genova, tuttavia, quale capitale dello stato, continuò ad avere un'amministrazione particolare, differente da quella del resto del territorio ligure. Il governo provvisorio della Repubblica Ligure, costituitosi all'indomani della convenzione di Mombello imposta da Bonaparte, fin dal 26 giugno costituì delle municipalità in tutti i luoghi della Repubblica ove esistevano "corpi comunitativi", stabilendo per ognuno di essi un numero di membri compreso tra i cinque e i nove; solo a Genova fu disposto che la municipalità fosse costituita da venticinque membri, eletti direttamente dal governo provvisorio. Un successivo regolamento del 30 giugno stabilì che a dirigere la municipalità fosse, a turni settimanali, un presidente eletto a sorte tra i venticinque membri. Furono inoltre istituiti degli Ispettori dei quartieri, un comitato per gli affari militari e tre altri comitati composti ognuno di cinque membri: uno, detto comitato di Pubblica Beneficenza ebbe la cura degli ospedali e delle opere pie; un secondo, detto degli Edili, ereditò le competenze delle ex-magistrature dei Padri del comune, Censori, Abbondanza, Provvisori dell'olio e del vino. Il terzo comitato, detto dei Pubblici stabilimenti, ebbe infine la ¿direzione dell'istruzione pubblica, dell'industria, delle arti e manifatture, delle feste e spettacoli pubblici. come pure la cura di tutti gli edifici dichiarati di "proprietà nazionale". Tale status particolare si conservò per tutto il periodo della Repubblica ligure. La riforma amministrativa attuata il 22 aprile 1803 dal Senato istituito per volontà di Bonaparte due anni prima, confermò per Genova l'istituzione di una municipalità a sé, disponendo che essa esercitasse anche le funzioni di consiglio comunale e fosse costituita da trenta membri, rinnovati per un terzo ogni anno e nominati dallo stesso Senato. Successivamente, una legge organica nel 1804, confermò, all'interno della municipalità di Genova, l'istituzione di comitati particolari, composti da cinque a otto membri, per la trattazione di specifiche competenze. Essi furono i tre comitati già creati nel 1797, più i nuovi comitati delle Contribuzioni e dell'Annona.
Dopo l'annessione della Repubblica Ligure all'Impero francese,votata dal Senato ligure il 25 maggio 1805, Napoleone inviò a Genova, quale governatore generale della 28ma Divisione, l'arcitesoriere Charles-François Lebrun con il compito di riorganizzare l'amministrazione in vista della completa assimilazione agli ordinamenti francesi. Con un decreto del 29 giugno successivo Lebrun confermò provvisoriamente in carica tutti i magistrati e i funzionari del cessato governo, con alcune modifiche. Riguardo all'amministrazione di Genova, infatti, gli art. X-XII dello stesso decreto provvidero a nominare primo Maire del comune l'ex-senatore Michelangelo Cambiaso (già doge ai tempi del regime aristocratico), dandogli come primo aggiunto il presidente dell'ex-municipalità e quali aggiunti i presidenti dei precedenti cinque comitati municipali, mentre i membri della municipalità divennero tutti consiglieri municipali. Ciò fino al 21 dicembre quando con la nomina da parte dello stesso Lebrun dei trenta nuovi consiglieri comunali, entrò pienamente in vigore l'ordinamento municipale francese, fissato dalla legge del 28 pluvioso VIII (17 febbraio 1800) che, per una città come Genova (annoverata dal senatusconsulto organico dell'8 ottobre tra le ventidue "bonnes villes" dell'Impero), prevedeva un maire, sei adjoints e trenta consiglieri. Gli "aggiunti" continuarono come in passato a presidere dei comitati che, almeno nella prassi, conservarono le denominazioni del periodo del governo ligure. Come maire, dopo la promozione di Cambiaso a senatore dell'impero, Napoleone designò Agostino Pareto nel 1806 e nel 1812 Vincenzo Spinola.
L'amministrazione municipale francese si mantenne anche dopo la caduta della dominazione napoleonica. Il 15 aprile 1814, infatti, un decreto emanato da lord Bentinck, plenipotenziario delle potenze alleate vincitrici, confermò tutti gli organi amministrativi e di polizia esistenti, nominando un governo provvisorio per la ricostituita Repubblica di Genova. Questo, il 3 maggio, emanò un decreto che, nel prevedere "un regolamento speciale per la Capitale", dispose in linea di massima di mantenere in carica i maires esistenti col titolo di Capi Anziani e i consigli municipali con quello di consigli degli Anziani. Un successivo decreto del 16 luglio ricostituì l'antico magistrato dei Padri del Comune, con lo stesso numero di soggetti che in passato (5) e sotto le stesse leggi; a farne parte furono chiamati la prima volta il capo-anziano e gli aggiunti dell'ufficio municipale dei Pubblici stabilimenti, ai quali si aggiunsero in agosto altri due membri.
Con l'unione della Repubblica di Genova al Regno di Sardegna, il re Vittorio Emanuele I con regie patenti del 30 dicembre 1814, si riservò di istituire in Genova un "Corpo di Città" non dissimile da quello da tempo esistente a Torino e in altri centri principali del Piemonte. Il 31 luglio 1815 venne pertanto emanato un "Regolamento economico" che fissò il nuovo ordinamento, basato sull'istituzione di un corpo decurionale di ottanta persone diviso in due classi, ciascuna presieduta da un Sindaco nominato annualmente dal sovrano su una rosa di nomi proposta dai decurioni della rispettiva classe. Alla prima classe erano nominati con regio decreto quaranta nobili appartenenti a famiglie già ascritte al libro d'oro dell'antica repubblica; la seconda classe era invece riservata per metà a possidenti e professionisti, e per metà a negozianti. Il Corpo decurionale costituiva il consiglio generale che si riuniva tre volte all'anno per amministrare le entrate del comune ed approvare il bilancio. L'amministrazione ordinaria era svolta dal Consiglio particolare, presieduto dai due Sindaci e composto dai Ragionieri, dagli Edili, dai Provveditori e da dieci consiglieri eletti ogni anno all'interno del decurionato. L'ufficio degli Edili, composto da sei decurioni e da un presidente era incaricato della cura del porto e del molo ed in genere di tutte le competenze in precedenza esercitate dai Padri del Comune (acquedotto, lavori pubblici, vie e strade, pubblico ornato ecc.). L'ufficio dei Provveditori, con la stessa composizione, si occupava invece della vigilanza sui commerci e in particolare sull'annona. Questo ordinamento restò in vigore fino al fino al 1849, quando, in seguito all'approvazione della nuova legge sui municipi del 7 ottobre 1848, fu varato un nuovo assetto amministrativo.