Nel 1996, dopo due anni di riflessione insieme agli altri gruppi femminili attivi in città, l'associazione fonda la Libreria delle donne di Bologna con l'intento di costituire per le donne un luogo di condivisione della passione e dell'interesse per la scrittura ed i libri, e con l'intenzione di raccogliere l'eredità di Librellula, la storica libreria fondata da donne negli anni Settanta a Bologna e chiusa nel 1994. Inaugurata il 25 e 26 maggio 1996 nei locali di via Avesella e trasferita nel 2004 nell'attuale sede di via San Felice 16/A, la Libreria delle donne diventa il progetto portante dell'associazione che, oltre ad esporre e presentare autrici accuratamente scelte, fornire servizi di ricerca, vendita e spedizione di libri anche fuori catalogo, si impegna attivamente in iniziative politiche e percorsi di approfondimento culturale aperti al pubblico: presentazioni di libri di celebri personalità della poesia, della letteratura e del pensiero filosofico (da Nicole Brossard ad Adrienne Rich, da Luisa Muraro ad Adriana Cavarero); proiezioni di film e documentari sulla storia del femminismo; seminari e dibattiti; corsi di scrittura creativa. Dall'apertura ad oggi sono stati organizzati oltre trecento eventi; la libreria partecipa, con le sue proposte letterarie, ad iniziative e convegni coordinati da altri gruppi, come il festival del cinema lesbico «Immaginaria» organizzato dall'associazione Visibilia ed il campo donne estivo presso la comunità valdese di Agape. La libreria realizza inoltre percorsi di ricerca sull'impresa al femminile in collaborazione con "Mag Società mutua per l'autogestione" di Verona, e mette a disposizione i propri spazi per l'incontro e le riunioni di altri gruppi, tra cui il Gruppo '98 poesia ed il Gruppo maschile plurale (quest'ultimo si è riunito presso la libreria sino al 2009).
La gestione della libreria, così come le pratiche del gruppo, sono da sempre caratterizzate dal riconoscimento della soggettività di ciascuna e dall'assunzione di precise responsabilità individuali; il rifiuto di adottare un'identità di gruppo ed un pensiero unificato costituisce un aspetto imprescindibile delle attività quotidiane, escludendo ogni tipo di rapporto gerarchico e di verticismo. Attualmente l'associazione è impegnata in una campagna di raccolta collettiva di fondi per assumere una giovane donna da avviare al lavoro di libraia, anche al fine di rilanciare la libreria ed avvicinare ad essa le generazioni più giovani.
In base alle disposizioni approvate dal più recente statuto (2004), sono organi dell'associazione: l'Assemblea delle socie, con funzioni di indirizzo; il Consiglio direttivo, nominato dall'Assemblea, con compiti amministrativi e di programmazione; la Presidente, nominata dal Consiglio direttivo, con funzioni di rappresentanza legale dell'associazione; due probiviri a tutela della gestione economica e contabile.