Nelle elezioni amministrative del 1947 e nelle politiche del 1948, il partito ottenne il 2% dei voti ed entrò in Parlamento, alla Camera con sei deputati (Giorgio Almirante, Arturo Michelini, Giovanni Roberti, Guido Russo Perez, Roberto Mieville e Luigi Filosa) e al Senato con un senatore (Enea Franza). Nel 1953 raggiunse il 5,8% dei voti, con un largo consenso presso l'elettorato meridionale.
Nel 1954 assunse la segreteria Arturo Michelini che tentò la carta dell'inserimento nell'area di governo. La sinistra, tuttavia, non reagì positivamente all'escalation di un partito costituito in prevalenza da ex-camicie nere: furono quindi mobilitati migliaia di militanti a Genova (ove fu impedito lo svolgimento del VI Congresso del Movimento, 2-4 luglio), dando vita a moti di piazza particolarmente violenti.
In analogo scorcio d’anni il MSI strinse un'alleanza elettorale (1955) con il Partito nazionale monarchico e appoggiò dall'esterno i governi Zoli (1957), Segni (1959) e Tambroni (1960). Dopo la caduta di tale Ministero in seguito ad agitazioni popolari, il MSI viene progressivamente emarginato dalla scena politica.
L'avvento del centrosinistra, nel 1962, provocò il rafforzamento, all'interno del partito, della corrente intransigente capeggiata da Almirante. Alla fine degli anni Sessanta, il partito sembrò destinato a un lento e inesorabile declino, ma nel clima turbolento del 1968 e con il nuovo segretario, Giorgio Almirante, succeduto a Michelini, riaffiorarono le possibilità di ripresa. Il MSI adottò così la cosiddetta ‘linea perbenista’, prendendo nettamente le distanze dai contestatori combattendoli frontalmente sul piano ideale.
Cercando di farsi portavoce di un movimento alternativo al sistema, capace di attrarre la protesta contro la violenza e il disordine del ’68, il MSI riuscì ad assorbire ciò che rimaneva del Partito di unità monarchica (PDIUM).
Con le elezioni del 1972, presentandosi sotto l'etichetta di MSI-Destra nazionale, ottenne l'8,7% dei voti, facendo appello alla cosiddetta «maggioranza silenziosa».
Tra il 1975 ed il 1979, si verificò un progressivo ridimensionamento dei consensi elettorali. Nel 1977, avvenne la rottura dell'unità interna, con l'uscita dal partito dell'ala moderata, che diede vita al gruppo di Democrazia nazionale, guidato da Gianni Roberti ed Ernesto De Marzio.
Nel 1978, il segretario Almirante, in vista delle elezioni europee, promosse l'Eurodestra, collegandosi con il movimento spagnolo Forza nuova e con la destra francese.
Nel 1987, poco prima della morte di Almirante, la segreteria del partito passò a Gianfranco Fini, ex segretario del Fronte della gioventù.
La morte di Almirante rappresentò un duro colpo alla stabilità del Movimento sociale italiano (all'epoca in crisi) che decise quindi di giocare il tutto per tutto sull'ultimo dei leader storici rimasti in vita, Pino Rauti (dopo una breve segreteria Fini). Rauti non riuscì tuttavia nell'intento di ottenere larghi consensi dai delusi della sinistra a seguito del crollo del muro di Berlino (1989), e la sua strategia naufragò assieme alla sua segreteria (1990-91). Dopo il disastroso esito delle elezioni regionali siciliane del giugno 1991, Rauti fu costretto a dimettersi, lasciando spazio al ritorno in scena di Gianfranco Fini alla segreteria nazionale.
La nuova leadership degli anni Novanta orientò il MSI verso una trasformazione che lo rese il punto di riferimento per l'elettorato conservatore dopo la crisi della DC e dei partiti di centro. Mettendo in secondo piano l'anima fascista del partito, Fini si fece paladino delle riforme istituzionali e della fondazione di una "seconda repubblica" in Italia, con caratteristiche presidenzialistiche; lavorò per realizzare un processo di trasformazione del Movimento sociale in una nuova formazione politica, d'impostazione più moderata, il cui scopo dichiarato fu quello di arginare il potere delle forze di sinistra.
Nel gennaio del 1994 si tenne la prima Assemblea costituente di Alleanza nazionale, la nuova formazione che nel gennaio 1995 prese ufficialmente il posto del MSI-DN nel contesto dello scenario politico italiano.