Il territorio era abitato sin dall'antichità come dimostrano alcuni ritrovamenti archeologici. Le prime notizie sull'insediamento di Micigliano risalgono alla metà del X secolo e ricordano come nel 943 l'Abbazia di Farfa acquisì dei terreni "in locus qui nominatur Micilianus". Nel X secolo divenne, con i vicini castelli di Cesura e Vischiata, nucleo centrale del feudo dell'Abbazia di SS. Quirico e Giulitta, edificata dai Benedettini nel X secolo. Tale abbazia fu fortemente filoimperiale e nel 1229 Federico II ne occupò il territorio, comprendente, oltre che Micigliano, anche Antrodoco e Borgo Velino. In seguito il borgo seguì le sorti dei centri limitrofi, gravitandi nell'orbita delle famiglie Orsini e Colonna e poi fu incluso nel Regno di Napoli sino all'unità d'Italia. Durante la dominazione francese (1806-1815) Micigliano divenne libero comune nell'ambito della provincia del Secondo Abruzzo Ulteriore, distretto di Cittaducale; con la Restaurazione la città tornò sotto il dominio borbonico. Dopo l'annessione al Regno d'Italia, avvenuta nel 1860, il comune fu compreso nella provincia dell'Aquila fino al 1927, anno in cui passò alla neoistituita provincia di Rieti. Il 28 marzo 1928 il comune di Micigliano, insieme a quello di Borgo Velino, venne aggregato al comune di Antrodoco, ma venne ricostituito ente autonomo dopo la II guerra mondiale, nel 1947