Al fine di prendere più diretto contatto con le formazioni partigiane della zona orientale della provincia, il 25 settembre il Comando unico si trasferì nella frazione di Marra nel comune di Corniglio, e dieci giorni dopo fissò la propria sede nella vicina località di Bosco di Corniglio.
Lì, il 17 ottobre, si consumò quello che è noto come "eccidio del Comando unico": durante un incontro nei locali dell'Albergo Ghirardini tra i vertici del Comando unico e del Comando piazza di Parma, soldati tedeschi uccisero i comandanti Giacomo di Crollalanza e Gino Menconi, insieme ad altri quattro partigiani.
I vertici del Comando unico furono rieletti sul finire del mese di ottobre nel convegno tenutosi a Belforte, nel comune di Borgo Val di Taro: alla guida fu designato in particolare Giacomo Ferrari (alias Arta), con capo di stato maggiore Leonardo Tarantini (alias Nardo) e commissario politico Achille Pellizzari.
Verso la metà del mese di novembre 1944 il Comando unico lasciò Corniglio per trasferirsi in Val di Taro, nella zona occidentale della provincia, costituendo una Delegazione di comando per il settore est affidata a Paolo Ceschi (alias Gloria). La divisione del Comando unico nei due tronconi dell'est e dell'ovest Cisa fu determinata non solo da esigenze di carattere militare e operativo, ma anche dal desiderio di sanare la frattura provocata dalla nomina di Ceschi alla guida del Comando unico da parte del Comitato di liberazione nazionale (CLN) provinciale, che si era espresso senza il parere preventivo dei comandi di brigata.
Tra i mesi di novembre 1944 e gennaio 1945 il Comando unico dovette fronteggiare i pesanti rastrellamenti condotti dalle forze armate tedesche: nella zona est Cisa gli attacchi interessarono in particolare la 47ª brigata Garibaldi, i cui vertici trovarono la morte il 20 novembre, mentre nella zona ovest Cisa furono maggiormente colpite la 31ª e la 32ª brigata Garibaldi, che si frazionarono fino ad occultarsi del tutto. Ciò determinò un'inevitabile stasi delle operazioni delle formazioni operanti nell'appennino parmense.
A valle il Comando piazza di Parma, dopo la strage di Bosco di Corniglio, si ricostituì solo a dicembre 1944 (al vertice fu eletto l'azionista Raffaele Froncillo, alia Masella), mentre nel gennaio 1945 furono mutati i quadri del comando provinciale delle SAP.
Al 17 febbraio 1945 si colloca l'ultima riorganizzazione del Comando unico, che alla fine del mese di marzo aveva alle sue dipendenze: la Divisione Val Ceno, la Divisione Val Taro e la Divisione Cisa nel settore ovest, la Divisione Ottavio Ricci, la Divisione Monte Orsaro e il Comando piazza con le squadre SAP e il servizio informazioni nel settore est, per un totale di 24 brigate.
Dopo la liberazione di Parma, avvenuta il 26 aprile 1945 il Comando unico e le formazioni partigiane operarono ancora per poco alle dipendenze dell'autorità militare alleata, per poi consegnare le armi e sciogliersi il successivo 10 maggio.