Nel compartimento territoriale del 1757 Busto Arsizio risultava compreso nella pieve di Gallarate. Il 23 giugno dello stesso anno, l'imperatrice Maria Teresa emanò un regolamento sull'amministrazione della comunità di Busto. In base alle nuove disposizioni, il convocato generale degli estimati doveva eleggere il consiglio generale della città, composto da 32 estimati. Il convocato aveva facoltà sia di eleggere nuovi membri del consiglio, sia di confermare i membri del consiglio esistente. Poiché "le adunanze di tutti i possessori del territorio di Busto per la moltitudine di essi sono troppo difficili a eseguirsi, ed a regolarsi, così in avvenire resterà trasferita nel detto consiglio generale tutta l'autorità, e rappresentanza del comune, con tutte le facoltà accordate dalla Riforma suddetta del dì 30 Dicembre 1755 al convocato generale dei possessori, e con tutte le facoltà, di cui in oltre è solito godere il presente Consiglio generale non repugnanti al presente regolamento". Il consiglio rappresentava l'intero comune: venivano pertanto soppresse tutte le divisioni precedenti, cioè i comuni denominati Arconati, Mizzaferro, Pasquali, Pozzo e Visconti, e si vietava qualsiasi divisione futura, cosicché Busto avesse un solo governo, una sola cassa e un unico estimo. Era compito del consiglio generale eleggere ogni anno i deputati dell'estimo, secondo la riforma del 30 dicembre 1755, cap. 3. I deputati presiedevano il consiglio, convocavano e regolavano le riunioni con l'assistenza del cancelliere delegato. La carica di consigliere aveva la durata di quattro anni; ogni anno, nell'adunanza per le elezione dei nuovi ufficiali, si dovevano nominare otto nuovi consiglieri, che sostituivano otto dei precedenti consiglieri. Nel consiglio non potevano entrare soggetti che fossero legati da parentela "fino al secondo grado civile". Il deputato della tassa personale e quello della tassa mercimoniale partecipavano al consiglio "per rappresentare in caso di bisogno le occorrenze dei loro corpi". Gli estimati potevano avere accesso con facoltà di parlare all'adunanza annuale "per lo scrutinio delle spese per la nuova imposta". Infine, la comunità aveva facoltà di eleggere, come per il passato, due sindaci e due consoli. Il comune nel 1786 fu compreso nella provincia di Gallarate, con le altre località della stessa pieve di Gallarate, a seguito del compartimento territoriale della Lombardia austriaca, che divise il territorio lombardo in otto province. Dalla fine del 1787 Varese sostituì Gallarate come sede dell'intendenza politica. Nel 1791 i comuni della pieve di Gallarate risultavano inseriti nel distretto XXXIII della provincia di Milano.
A seguito della legge 26 marzo 1798 di organizzazione del dipartimento del Verbano il comune di Busto Arsizio divenne la seconda ripartizione del dipartimento. Soppresso il dipartimento del Verbano, con la successiva legge 26 settembre 1798 di ripartizione territoriale dei dipartimenti d'Olona, Alto Po, Serio e Mincio, Busto Arsizio divenne capoluogo del X distretto del dipartimento dell'Olona. Nel compartimento territoriale del 1801 il comune fu collocato nel dipartimento dell'Olona, IV distretto, con capoluogo Gallarate. Nel 1805, un nuovo compartimento territoriale inserì Busto Arsizio nel cantone I di Gallarate del distretto IV, Gallarate, del dipartimento dell'Olona. Il comune, di II classe, aveva 6600 abitanti. A seguito dell'aggregazione dei comuni del dipartimento d'Olona, in accordo con il piano previsto già nel 1807 e parzialmente rivisto nel biennio successivo, il comune denominativo di Busto Arsizio figurava compreso, con 6887 abitanti, nel cantone I di Gallarate del distretto IV di Gallarate; con la successiva concentrazione e unione di comuni nel dipartimento d'Olona, Busto Arsizio, comune di II classe con 8002 abitanti complessivi, comprendeva gli aggregati di Busto Arsizio Sacconago ed uniti, sempre nel cantone I di Gallarate del distretto IV di Gallarate.
Con l'attivazione dei comuni della provincia di Milano, in base alla compartimentazione territoriale del regno lombardo-veneto, Busto Arsizio fu inserito nel distretto XV come comune capoluogo. Busto Arsizio, comune con consiglio, fu confermato capoluogo del distretto XV in forza del successivo compartimento territoriale delle province lombarde. Nel 1853, Busto Arsizio, comune con consiglio comunale con ufficio proprio e con una popolazione di 11.566 abitanti, fu posto a capo del distretto X.
In seguito all'unione temporanea delle province lombarde al regno di Sardegna, in base al compartimento territoriale stabilito con la legge 23 ottobre 1859, il comune di Busto Arsizio con 12.570 abitanti, retto da un consiglio di trenta membri e da una giunta di quattro membri, fu incluso nel mandamento II di Busto Arsizio, circondario IV di Gallarate, provincia di Milano. Alla costituzione nel 1861 del Regno d'Italia, il comune aveva una popolazione residente di 12.568 abitanti (Censimento 1861). In base alla legge sull'ordinamento comunale del 1865 il comune veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Nel 1867 il comune risultava incluso nello stesso mandamento, circondario e provincia. Popolazione residente nel comune: abitanti 12.909 (Censimento 1871); abitanti 13.500 (Censimento 1881); abitanti 20.005 (Censimento 1901); abitanti 25.992 (Censimento 1911); abitanti 27.808 (Censimento 1921). Nel 1924 il comune risultava incluso nel circondario di Gallarate della provincia di Milano. In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1926 il comune veniva amministrato da un podestà. Nel 1927 il comune venne aggregato alla provincia di Varese. Nel 1928 al comune di Busto Arsizio vennero aggregati i soppressi comuni di Borsano e Sacconago. Popolazione residente nel comune: abitanti 39.841 (Censimento 1931); abitanti 42.995 (Censimento 1936). In seguito alla riforma dell'ordinamento comunale disposta nel 1946 il comune di Busto Arsizio veniva amministrato da un sindaco, da una giunta e da un consiglio. Popolazione residente nel comune: abitanti 52.607 (Censimento 1951); abitanti 64.367 (Censimento 1961); abitanti 78.601 (Censimento 1971). Nel 1971 il comune di Busto Arsizio aveva una superficie di ettari 3.027.